若修房协议已明确约定未按时修建的赔偿方式，则按照协议约定进行赔偿；若协议未约定或约定不明，则根据实际损失，结合公平原则和过错程度来确定赔偿金额。具体分析如下：
协议有明确约定的情况：
- 如果修房协议中已经明确规定了，在未按时修建的情况下，违约方需要支付的违约金数额或者赔偿计算方法，那么双方应当按照协议中的约定来执行。
- 例如，协议中可能规定，若未按时修建，违约方需支付合同总金额的10%作为违约金，或者按照实际损失进行赔偿，并明确了损失的计算方式。
协议未约定或约定不明的情况：
- 如果协议中没有明确约定未按时修建的赔偿方式，或者约定不明确，那么双方需要协商确定赔偿金额。
- 在协商过程中，可以考虑实际损失的大小、违约方的过错程度、守约方的预期利益等因素。
- 如果协商不成，守约方可以向法院提起诉讼，由法院根据实际情况，结合公平原则和过错程度，来判定违约方应当支付的赔偿金额。
- 实际损失可能包括守约方因违约方未按时修建而额外支出的费用、因延误工期而产生的损失等。
额外建议：
- 在签订修房协议时，建议双方明确约定未按时修建的赔偿方式，以避免后续纠纷。
- 如果发生纠纷，建议双方首先尝试通过协商来解决，以节省时间和成本。
- 如果协商不成，建议及时寻求法律途径解决，以维护自身合法权益。
在处理此类纠纷时，需要仔细审查协议内容，并结合实际情况和法律规定来综合判断。如果您有具体的协议内容或者纠纷情况，可以进一步向我咨询，我会根据您的具体情况给出更详细的解答。