有争议的土地是可以进行权籍调查的，但需注意不同情形下的操作要点和法律后果，具体分析如下：
权籍调查的独立性
权籍调查是土地确权的基础性工作，其核心目的是查清土地的权属、界址、面积等基础信息，为后续确权登记提供依据。根据《不动产登记暂行条例》及《土地调查条例》，权籍调查本身不直接解决权属争议，但可为争议解决提供客观证据。即使土地存在权属争议，调查机构仍可依法开展调查工作，但需在调查报告中注明争议情况。
争议状态对调查结果的影响
- 调查结果的中立性：调查机构仅负责记录土地现状（如界址、面积、地上附着物等），不涉及权属合法性判断。例如，若甲乙双方对同一块土地主张所有权，调查报告会如实记录双方主张及土地现状，但不会直接认定权属归属。
- 登记程序的限制：根据《不动产登记操作规范（试行）》，存在权属争议的土地不得直接办理登记。若调查完成后争议仍未解决，需先通过协商、行政裁决或诉讼等方式明确权属，再凭生效法律文书申请登记。
争议土地调查的特殊程序
- 公告与听证：调查机构在开展争议土地调查时，通常需公告调查事项并通知争议方到场指界。若一方无正当理由拒不到场，调查机构可依据另一方提供的证据或现场情况作出记录，但需在报告中说明情况。
- 争议标记：调查成果（如图件、报告）需明确标注争议范围及争议方信息，避免因信息缺失导致后续纠纷。
实务建议
- 对争议方：若土地存在争议，建议主动参与调查过程（如现场指界、提供权属证明），确保调查结果客观反映己方主张。若对调查结果有异议，可依法申请复核或提起行政诉讼。
- 对调查机构：需严格遵循法定程序，确保调查过程公开透明，避免因程序瑕疵导致调查结果被推翻。
- 对登记机构：在收到争议土地的登记申请时，应重点审查权属争议是否已解决，避免因登记行为引发新的纠纷。
总结：权籍调查可作为解决土地争议的前置程序，其结果能为争议解决提供重要依据，但争议本身不影响调查的开展。若您涉及具体争议，建议提供土地权属证明、争议事实等材料，我可进一步分析争议解决路径及法律风险。