在建筑公司破产的情况下，其在建工程的处理是一个涉及多方利益且复杂关键的问题。以下是对这一问题的详细解答：

一、在建工程的价值评估

首先，破产管理人需要对在建工程进行全面的价值评估。这包括已完成工程的价值以及未完成工程的潜在价值。评估结果将作为后续决策的重要依据，有助于确定项目是否应作为破产财产进行分配，以及采取何种处理方式最为合适。

二、决定是否继续建设

基于价值评估结果，管理人需综合考虑多个因素来决定是否继续建设在建工程。这些因素包括项目的潜在价值、资金状况、市场前景等。如果项目具有较大的潜在价值，且继续建设有助于增加破产财产总额，管理人可能会尝试通过资金支持等方式继续施工。反之，如果继续建设不可行，管理人则应考虑停止建设，并对已完成部分进行妥善处置。

三、在建工程的具体处理方式

1. 项目转让：

   • 管理人可以积极寻找有能力且有意愿接手项目的其他建筑企业或投资方。
   • 与潜在接手方就转让价格、后续施工安排等关键问题进行深入协商。
   • 办理项目相关合同主体的变更、施工许可证等证照的变更手续，确保项目转让的合法性和有效性。

2. 合同履行与优先权问题：

   • 根据原合同约定，管理人需确定后续处理方式。在可能的情况下，应优先考虑原施工方继续施工的可能性，以减少变更带来的成本和风险。
   • 在破产程序中，必须确保建筑工人的工资、材料供应商的货款等享有法定优先权，这些债权应优先得到清偿。

3. 拍卖或转让：

   • 如果无法通过协商确定处理方式，管理人可以考虑通过拍卖或转让方式处置在建工程。
   • 拍卖所得款项需按照法定顺序进行清偿，首先满足优先权人的要求，如建筑工人的工资、材料供应商的货款等。

四、遵循法律程序

在处理在建工程过程中，管理人必须严格遵循法律程序。这包括：

• 处置项目需经过债权人会议的同意，并依法进行公告，确保透明度和公正性。
• 管理人需定期向法院报告破产财产的管理和处置情况，接受法院的监督，确保处理过程的合法性和合规性。

五、清偿债务与编制清算报告

依据《中华人民共和国企业破产法》的相关规定，破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，将按照以下顺序清偿债务：

1. 破产人所欠职工的工资、医疗、伤残补助、抚恤费用等。
2. 破产人欠缴的社会保险费用和税款。
3. 普通破产债权。

如果破产财产不足以清偿同一顺序的清偿要求，将按比例进行分配。在完成清算工作后，管理人需编制详细的清算报告，向法院和债权人会议报告清算情况，包括债权清偿情况、财产处置情况等。法院将根据清算报告作出裁定，终结破产程序。

综上所述，建筑公司破产时在建工程的处理需要综合考虑多个方面，包括价值评估、是否继续建设、具体处理方式、法律程序以及债务清偿等。管理人应依法履行职责，保护各方合法权益，确保项目处置的合法性、公正性和效率性。