在建设工程合同涉及的公司破产后，合同的处理方式主要取决于破产管理人的选择以及合同的具体履行情况。以下是详细分析：

1. 破产管理人的选择权
   根据《中华人民共和国企业破产法》第十八条，破产管理人有权决定是否继续履行或解除未履行完毕的合同。若建设工程合同尚未履行完毕，管理人需在收到法院受理破产申请通知后两个月内，通知对方继续履行或解除合同：

   • 继续履行：若管理人选择继续履行，对方需提供担保；若对方不提供，视为解除合同。
     
   • 解除合同：管理人可直接解除合同，但需承担因解除造成的损害赔偿责任（如已投入的成本损失）。
     

2. 合同履行阶段的特殊规则

   • 已完工工程：若工程已竣工验收，承包人可依据合同主张工程款，该债权属于破产债权，需按破产程序申报。
     
   • 未完工工程：若工程未完工，管理人选择解除合同后，承包人可主张：
     
     • 已完成部分的工程款；
       
     • 因解除合同产生的损失（如材料采购、人员遣散费用），但需证明损失与解除的直接关联性。
       

3. 优先受偿权的适用
   根据《民法典》第八百零七条，承包人对建设工程价款享有优先受偿权，优于抵押权和其他债权。但需注意：

   • 优先受偿权仅针对“工程价款”，不包括违约金、利润等；
     
   • 需在工程竣工之日或合同约定的竣工之日起18个月内行使，逾期则转为普通债权。
     

4. 实际施工人的权益保护
   若存在违法分包、转包情形，实际施工人可直接向发包人主张工程款（《建设工程司法解释一》第四十三条），但需以发包人欠付工程款为限。在破产程序中，实际施工人仍可申报债权，但优先受偿权仅限于合法承包人。

建议行动步骤：

1. 立即向破产管理人申报债权，并提交合同、验收单、结算文件等证据；
   
2. 若工程未完工，及时与管理人沟通是否继续履行，并要求书面确认；
   
3. 关注优先受偿权的行使期限，必要时通过诉讼确认债权性质；
   
4. 若涉及实际施工人身份，收集分包合同、付款凭证等证明材料。
   

如有进一步疑问或需具体方案，可直接向我咨询，我会结合合同条款和破产程序细节为您分析。