当施工单位公司破产时，其在建项目的处理确实是一个复杂且关键的问题，这涉及到多方利益的平衡与法律程序的遵循。以下是在建项目处理的详细步骤和考虑因素：

一、评估在建项目价值

首先，破产管理人（或指定的相关机构）需要对在建项目进行全面的价值评估。这包括已完成工程的价值评估以及未完成工程的潜在价值评估。这一评估是后续所有决策的基础，它有助于确定项目是否应作为破产财产进行分配，以及采取何种处理方式最为合适。

二、决定是否继续建设

基于评估结果，管理人需要综合考虑多个因素来决定是否继续建设该项目。这些因素包括项目的潜在价值、公司的资金状况、市场前景以及继续建设可能带来的风险和收益等。如果项目具有较大的潜在价值，且继续建设有助于增加破产财产的总额，那么管理人可能会考虑通过寻找资金支持等方式来继续施工。相反，如果继续建设不可行或风险过高，管理人则应考虑停止建设，并对已完成部分进行妥善处置。

三、处理在建项目

1. 项目转让：

   • 管理人可以积极寻找有能力且有意愿接手项目的其他建筑企业或投资方。
   • 与潜在接手方就转让价格、后续施工安排等关键问题进行深入协商，并达成一致意见。
   • 办理项目相关合同主体的变更、施工许可证等证照的变更手续，确保项目的顺利交接。

2. 合同履行与优先权问题：

   • 根据原合同约定，管理人需要确定后续的处理方式，并优先考虑原施工方继续施工的可能性（如果原施工方仍有能力和意愿继续施工）。
   • 在破产程序中，必须确保建筑工人的工资、材料供应商的货款等享有法定优先权，这些债权应优先得到清偿。

3. 拍卖或转让：

   • 如果无法通过协商确定处理方式，管理人可以考虑通过拍卖或转让方式来处置项目。
   • 拍卖所得款项需要按照法定顺序进行清偿，首先满足优先权人的要求，然后按照其他债权的比例进行分配。

四、遵循法律程序

在处理在建项目的过程中，管理人必须严格遵循法律程序。这包括：

• 处置项目需经过债权人会议的同意，并依法进行公告，确保所有相关方都能了解项目的处理情况。
• 管理人需要定期向法院报告破产财产的管理和处置情况，接受法院的监督和指导。

五、清偿债务

依据《中华人民共和国企业破产法》的相关规定，破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，需要按照以下顺序进行清偿：

1. 破产人所欠职工的工资、医疗、伤残补助、抚恤费用等。
2. 破产人欠缴的社会保险费用和税款。
3. 普通破产债权。

如果破产财产不足以清偿同一顺序的清偿要求，那么将按照比例进行分配。

六、编制清算报告

最后，在完成清算工作后，管理人需要编制详细的清算报告。这份报告需要向法院和债权人会议报告清算情况，包括债权清偿情况、财产处置情况等。法院将根据清算报告作出裁定，终结破产程序。

综上所述，当施工单位公司破产时，其在建项目的处理需要综合考虑多个因素，并严格遵循法律程序。管理人应依法履行职责，保护各方合法权益，实现破产财产的公平、公正分配。