协议一方签名另一方用的公章不匹配，该协议的效力需分情况讨论，以下是我从不同角度为你进行的分析：
公章真实且代表公司意志：
- 如果协议中使用的公章是真实有效的，且加盖公章的行为代表了公司的真实意志（例如，公章由公司授权的人员加盖，且加盖行为符合公司章程或内部规定），那么即使另一方是签名而非加盖公章，该协议仍然可能是有效的。因为根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在此情况下，签名和盖章具有同等的法律效力。
公章不真实或不代表公司意志：
- 如果协议中使用的公章是伪造的、过期的，或者加盖公章的行为并未得到公司的授权，那么该协议可能因缺乏公司的真实意志而无效。此外，如果另一方在签名时存在欺诈、胁迫等情形，也可能影响协议的效力。在这种情况下，即使一方签名，另一方加盖了不匹配的公章，该协议也可能被认定为无效。
合同内容合法性及当事人行为能力：
- 除了公章和签名的匹配性外，合同的有效性还取决于合同内容是否合法、当事人是否具有相应的民事行为能力等因素。如果合同内容违反法律法规的强制性规定，或者当事人缺乏相应的民事行为能力（如未成年人、精神病人等），那么该合同可能无效。
法律建议：
- 在签署协议时，务必确保公章的真实性和有效性，并确认加盖公章的行为得到了公司的授权。
- 如果可能的话，尽量要求双方都使用签名和盖章两种方式来确认协议，以增加协议的法律效力。
- 在签署协议前，仔细审查合同内容，确保合同内容合法、明确，并符合双方的真实意愿。
- 如果对协议的效力存在疑虑，或者遇到其他法律问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。
可能后果：
- 如果协议被认定为无效，那么双方可能无法依据协议内容主张权利或履行义务。
- 在某些情况下，无效协议可能引发纠纷和诉讼，给双方带来不必要的法律风险和经济损失。
因此，在签署协议时，请务必谨慎对待公章和签名的匹配性问题，以确保协议的法律效力。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。