劳务派遣不能同时适用差额和全额征税，其文件依据及分析如下：

1. 主要文件依据
   根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件2《营业税改征增值税试点有关事项的规定》第一条第（三）项第9点规定：
   “一般纳税人提供劳务派遣服务，可以按照《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）的有关规定，以取得的全部价款和价外费用为销售额，按照一般计税方法计算缴纳增值税；也可以选择差额纳税，以取得的全部价款和价外费用，扣除代用工单位支付给劳务派遣员工的工资、福利和为其办理社会保险及住房公积金后的余额为销售额，按照简易计税方法依5%的征收率计算缴纳增值税。
   小规模纳税人提供劳务派遣服务，可以按照《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）的有关规定，以取得的全部价款和价外费用为销售额，按照简易计税方法依3%的征收率计算缴纳增值税；也可以选择差额纳税，以取得的全部价款和价外费用，扣除代用工单位支付给劳务派遣员工的工资、福利和为其办理社会保险及住房公积金后的余额为销售额，按照简易计税方法依5%的征收率计算缴纳增值税。”
   

核心结论：该条款明确劳务派遣服务的计税方式为“二选一”，即纳税人只能选择全额征税或差额征税中的一种方式，不可同时适用两种计税方法。

1. 政策逻辑与实务操作

   • 避免重复征税：差额征税的目的是消除劳务派遣服务中因代付工资、社保等产生的重复征税问题。若允许同时适用全额和差额，将导致税基计算混乱，违背政策初衷。
     
   • 计税方法唯一性：纳税人选择差额征税后，需在税务登记时备案，且在一个会计年度内不得变更计税方式（部分地区可能要求更长期限）。实务中，税务机关会通过申报表逻辑校验（如差额征税需填写特定栏次）防止混用。
     
   • 发票开具限制：若选择差额征税，向用工单位收取的全部费用需分两部分开具发票：
     
     • 扣除部分（工资、社保等）按“差额征税”项目开具增值税普通发票；
       
     • 剩余部分按适用税率或征收率开具增值税专用发票。
       若同时适用全额和差额，发票开具将无法满足上述要求。

2. 风险提示
   若纳税人误认为可同时适用两种计税方式，可能面临以下风险：

   • 税务稽查调整：税务机关发现后，会要求补缴税款、加收滞纳金，并可能处以罚款；
     
   • 发票违法风险：错误开具发票可能被认定为“虚开发票”或“未按规定开具发票”，承担行政责任甚至刑事责任；
     
   • 合同纠纷隐患：若与用工单位约定计税方式与实际申报不符，可能引发民事争议。

建议：劳务派遣企业应根据自身业务模式、客户需求及税务成本综合评估，在首次提供服务前确定计税方式，并在合同中明确约定（如“本服务按差额征税方式开具发票”）。若需变更计税方式，需按当地税务机关要求办理变更手续。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。