结论：公司对下级发函件是可以的，但需根据函件性质和目的选择合适的文书形式。以下是具体分析：

1. 函件的法律性质与适用场景
   函件属于非规范性公文，通常用于不相隶属机关或单位之间商洽工作、询问答复问题、请求批准等。若公司与下级单位（如子公司、分公司、关联企业）存在平等主体关系（如合同关系、合作事项），或需以正式书面形式传达意见、要求时，使用函件是合法且合理的。例如：

   • 委托下级单位办理某项业务（如《委托函》）；
     
   • 询问下级单位某事项进展（如《询问函》）；
     
   • 要求下级单位纠正违规行为（如《整改函》）。
     

2. 需注意的例外情形

   • 内部管理文件优先：若公司对下级单位是上下级管理关系（如总公司对分公司、母公司对全资子公司），且事项属于内部管理范畴（如人事任免、财务审批、绩效考核），通常应使用通知、决定、指令等内部公文，而非函件。函件的“平等主体”属性与内部管理关系可能存在冲突，易引发效力争议。
     
   • 合同关系下的函件：若公司与下级单位通过合同明确约定“以函件形式沟通”，则函件具有合同依据，效力受保护。例如：合作协议中约定“一方变更合作内容需提前30日发函通知对方”。
     

3. 实务建议

   • 明确函件目的：若需传达管理指令，优先选择内部公文；若需与下级单位协商、询问或基于合同沟通，可使用函件。
     
   • 规范函件格式：函件应包含标题、文号、主送单位、正文、落款、日期等要素，避免口语化表述，确保正式性。
     
   • 留存送达证据：通过EMS邮寄或电子邮件发送函件时，保留寄送凭证或回执，证明下级单位已收悉。
     

总结：公司对下级发函件的合法性取决于双方关系及函件用途。若涉及平等主体间的合作或合同事项，函件是有效工具；若为内部管理，则需谨慎使用。如有具体场景需进一步分析，可直接向我咨询。