结论：公司规定员工在职时劳动合同由公司存档，离职时可以带走劳动合同，这一做法本身并不直接违法，但关键在于劳动合同的签署和保存过程是否符合法律规定，以及员工带走合同的具体情形。以下从不同角度进行分析：
一、劳动合同的签署与保存规定
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。劳动合同由用人单位与劳动者协商一致，并经用人单位与劳动者在劳动合同文本上签字或者盖章生效。劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。这意味着，劳动合同的签署应当是双方各持一份，以确保双方都能对合同内容有清晰的了解和掌握。
二、公司存档与员工带走合同的合法性分析
公司存档的合法性：
- 公司存档劳动合同是出于管理需要，便于查阅和确认劳动关系，这一做法本身并不违法。
- 但公司存档不应剥夺员工持有自己劳动合同的权利，即公司不能仅存档而不给员工合同副本。
员工带走合同的合法性：
- 如果员工在离职时带走的是自己持有的那份劳动合同，这是完全合法的，因为员工有权持有自己的劳动合同副本。
- 如果员工带走的是公司存档的唯一合同原件，且未经公司同意，这可能构成违法行为，因为这可能涉及侵犯公司财产权或商业秘密（如果合同中包含敏感信息）。但这种情况较为罕见，且通常与劳动合同的保存和管理制度有关。
三、实际操作中的建议
对于公司：
- 应当确保在签署劳动合同时，给员工提供一份合同副本，并明确告知员工其有权持有自己的合同。
- 可以建立劳动合同的存档制度，但应确保存档的合同是复印件或电子版，以保留原件供员工持有。
- 如果员工离职时希望带走自己的合同副本，公司应当予以配合，不应设置障碍。
对于员工：
- 在签署劳动合同时，应确保自己持有一份合同副本。
- 如果离职时公司未提供合同副本或拒绝员工带走自己的合同，员工可以与公司协商或向劳动监察部门投诉。
- 员工带走合同时应确保是合法持有的那份，不应擅自拿走公司存档的合同原件。
四、可能的法律后果
- 如果公司违反规定，未给员工提供劳动合同副本，员工可以向劳动监察部门投诉，要求公司改正并可能面临罚款等处罚。
- 如果员工擅自拿走公司存档的合同原件，且该原件是公司唯一持有的，公司可以报警处理，员工可能面临侵犯财产权或商业秘密的法律责任。
综上所述，公司规定员工在职时劳动合同由公司存档，离职时可以带走劳动合同，这一做法本身并不直接违法，但关键在于确保员工有权持有自己的劳动合同副本，并在离职时能够合法地带走。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。