结论：员工因被公司罚款200元申请劳动仲裁，赔偿金额的计算需分情况讨论，具体如下：

1. 若公司罚款行为违法：根据《劳动合同法》及相关规定，用人单位不得随意对员工进行罚款，除非员工因故意或重大过失给用人单位造成经济损失，且用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若公司罚款行为无法律依据或超出法定限度，员工申请劳动仲裁时，可主张公司返还被罚款的200元，并可能要求公司支付因仲裁产生的合理费用（如交通费、误工费等，但需有相应证据支持）。

2. 若公司罚款行为合法但程序不当：即使公司有权因员工过错进行罚款，也需遵循法定程序，如事先告知员工罚款的理由、依据及金额，给予员工申辩的机会等。若公司未履行这些程序，员工申请劳动仲裁时，除可主张返还罚款外，还可要求公司纠正不当程序，并可能因程序瑕疵获得一定的补偿（但此补偿通常无明确法定标准，需根据具体情况由仲裁庭裁量）。

3. 关于赔偿金额的具体计算：在劳动仲裁中，赔偿金额的计算主要基于实际损失和法律规定。对于罚款返还，金额明确为200元；对于其他可能的赔偿（如合理费用、程序瑕疵补偿等），则需根据员工提供的证据和仲裁庭的裁量来确定。

建议：

• 员工在申请劳动仲裁前，应收集并保存好与罚款相关的所有证据，如罚款通知、工资条、劳动合同等。
• 员工可先尝试与公司协商解决，若协商无果再申请劳动仲裁。
• 在申请劳动仲裁时，员工应明确自己的仲裁请求，并准备好相应的证据材料。

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