申请仲裁期限是否超过，确实是劳动争议纠纷当事人在诉讼阶段的一种程序性抗辩权利。以下是对这一问题的详细分析：

1. 程序性抗辩权利的定义：

   • 程序性抗辩权利是指当事人在诉讼过程中，针对对方提出的诉讼请求或事实主张，从程序法角度提出的反驳或抗辩的权利。这种权利主要关注的是诉讼程序的合法性和正当性，而非实体法律关系的存在与否。

2. 申请仲裁期限的性质：

   • 申请仲裁期限是劳动争议处理中的一个重要程序性规定。它规定了劳动者在知道或应当知道其权益受到侵害后，必须在一定期限内向劳动争议仲裁委员会提出仲裁申请，否则将丧失通过仲裁途径解决争议的权利。这一期限的设置，旨在促使劳动者及时行使权利，维护劳动关系的稳定性和社会秩序的和谐。

3. 申请仲裁期限超过作为抗辩权利的体现：

   • 在诉讼阶段，如果一方当事人（通常是用人单位）认为对方（劳动者）提出仲裁申请的时间超过了法定的申请仲裁期限，那么它有权提出这一抗辩。这是用人单位作为诉讼一方，从程序法角度对劳动者提出的仲裁申请进行的反驳。
   • 如果法院或仲裁机构认定劳动者的仲裁申请确实超过了法定期限，那么它将可能驳回劳动者的仲裁申请或诉讼请求，从而维护诉讼程序的合法性和正当性。

4. 法律后果与注意事项：

   • 法律后果：一旦申请仲裁期限被认定超过，劳动者将失去通过仲裁或诉讼途径解决争议的权利，其权益可能无法得到法律保障。
   • 注意事项：
     • 劳动者应密切关注申请仲裁期限的规定，确保在期限内及时提出仲裁申请。
     • 用人单位在诉讼过程中，如果认为劳动者的仲裁申请超过了法定期限，应及时提出抗辩，并提供相关证据予以证明。
     • 法院或仲裁机构在审理案件时，应严格审查申请仲裁期限的问题，确保诉讼程序的合法性和正当性。

5. 实际应用中的建议：

   • 对于劳动者而言，了解并遵守申请仲裁期限的规定至关重要。在权益受到侵害时，应及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及申请仲裁的期限和程序。
   • 对于用人单位而言，应建立健全的劳动争议处理机制，及时对劳动者的仲裁申请进行回应和抗辩。同时，也应加强内部管理，避免劳动争议的发生，维护劳动关系的和谐稳定。

综上所述，申请仲裁期限是否超过确实是劳动争议纠纷当事人在诉讼阶段的一种程序性抗辩权利。劳动者和用人单位都应充分了解并遵守相关规定，以确保自身权益的合法性和正当性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。