同程旅行在订动车票时收取指定车厢服务费是否合法，需分情况讨论：
若铁路部门或相关运输企业有明确规定允许收取此项费用：
- 在这种情况下，同程旅行作为票务代理平台，按照铁路部门或相关运输企业的规定收取指定车厢服务费，通常是合法的。因为这一行为是基于运输企业的服务提供和费用设定，同程旅行只是作为中间方进行代收。
- 法律依据：虽然直接的法律条文可能并未明确提及“指定车厢服务费”，但根据《中华人民共和国民法典》中关于合同自由和等价有偿的原则，如果运输企业提供了额外的服务（如指定车厢），并因此产生了额外的成本，那么收取相应的费用是合理的。同时，如果这一费用在购票时已经明确告知消费者，且消费者同意支付，那么该行为也符合《中华人民共和国消费者权益保护法》中关于消费者知情权和选择权的规定。
若铁路部门或相关运输企业未明确规定允许收取此项费用，或同程旅行未明确告知消费者：
- 在这种情况下，同程旅行收取指定车厢服务费可能涉嫌违法。因为这一行为可能违反了运输企业的规定，也可能侵犯了消费者的知情权和选择权。
- 法律后果：如果消费者认为同程旅行的行为违法，可以向相关部门投诉或寻求法律援助。根据《中华人民共和国消费者权益保护法》的规定，消费者有权要求经营者提供真实、全面的信息，并有权拒绝经营者的强制交易行为。如果同程旅行确实存在违法行为，可能会面临行政处罚或民事赔偿等法律责任。
建议与提醒：
- 在购票前，消费者应仔细阅读购票条款和费用说明，了解是否存在额外费用及其具体金额。
- 如果对某项费用有疑问或不确定是否合法，可以向铁路部门或相关运输企业咨询，或直接向同程旅行客服询问。
- 如果发现同程旅行存在违法收费行为，可以向消费者协会、市场监管部门或相关法律机构投诉或寻求帮助。
额外思考：
- 从市场角度来看，指定车厢服务费的存在可能反映了运输企业对不同服务等级和需求的差异化定价策略。然而，这种策略必须在合法、合规且透明的前提下进行，以确保消费者的权益不受侵害。
- 作为消费者，在享受服务的同时，也应积极维护自己的合法权益，对不合理的收费行为说“不”。
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