买卖合同中注明“不含发票”的条款，合同本身仍然有效，但该条款可能因违反法律强制性规定或公序良俗而无效，具体需结合合同目的、行业惯例及实际履行情况综合判断。以下是详细分析：

1. 合同整体效力不受影响
   根据《民法典》第143条，合同有效的核心要件包括：行为人具有民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或行政法规的强制性规定、不违背公序良俗。

   • 若双方在合同中明确约定“不含发票”，且该约定未损害国家税收利益（如通过其他方式补足税款）、未违反行业强制性规定（如必须开票的领域），则该条款属于双方对合同义务的特别约定，合同整体仍有效。
     
   • 例如：买卖双方为规避税费而约定“不含发票”，但实际通过现金交易、虚开发票等方式逃避监管，此时合同可能因“以合法形式掩盖非法目的”被认定无效。

2. “不含发票”条款的效力需单独判断

   • 若合同未违反税收法律：根据《发票管理办法》第19条，销售商品、提供服务的单位和个人，对外发生经营业务收取款项时，应向付款方开具发票。但该规定属于管理性规范，而非效力性强制规范。若双方约定“不含发票”但未逃避纳税义务（如卖方已依法纳税，仅不向买方提供发票），则条款有效。
     
   • 若合同违反税收法律：若双方通过“不含发票”约定逃避纳税（如卖方不申报收入、买方不抵扣进项税），则该条款因违反《税收征收管理法》等强制性规定而无效，且可能面临行政处罚（如补税、罚款）甚至刑事责任（如逃税罪）。

3. 实务中的风险点

   • 买方风险：若合同未约定发票条款，买方可能无法在财务上列支成本，或无法抵扣增值税进项税额，导致实际损失。
     
   • 卖方风险：若未开具发票，可能被税务机关认定为“未按规定开具发票”，面临罚款（如《发票管理办法》第35条规定的“可处1万元以下罚款”）；若通过“不含发票”逃避纳税，还可能构成逃税罪。
     
   • 合同履行争议：若一方以“不含发票”为由拒绝履行其他义务（如付款、交货），可能引发违约纠纷，需结合合同整体条款判断责任。

建议：

• 买卖双方应在合同中明确约定发票类型（如增值税专用发票/普通发票）、开具时间、税款承担方式（如“含税价”或“不含税价”），避免模糊表述。
  
• 若涉及大额交易或特殊行业（如建筑、进出口），建议咨询税务专业人士，确保合同条款符合税收合规要求。
  
• 若已签订“不含发票”合同且存在争议，可收集交易记录、沟通记录等证据，通过协商、诉讼或仲裁解决。
  

如有具体合同条款或交易场景需要分析，可直接向我咨询。