1. 关于是否违规的结论：

   • 合作单位股东是国企人员亲属这一事实本身并不必然构成违规。是否违规需结合具体情况判断，包括亲属关系是否影响国企人员履职的公正性、是否存在利益输送或违反国企内部管理规定等。

2. 违规的判定标准与情形：

   • 利益冲突与利益输送：若国企人员利用职务便利，通过亲属在合作单位持股的方式谋取私利，或合作单位通过该亲属向国企人员输送利益（如高价采购、低价供应等），则构成违规，可能涉及贪污、受贿或违反《国有企业领导人员廉洁从业若干规定》等。
   • 国企内部管理规定：部分国企对员工亲属在关联企业持股有明确限制（如禁止持股、需申报备案等）。若未履行申报或审批程序，可能违反国企内部合规要求。
   • 招投标与公平竞争：若合作单位因国企人员亲属持股而获得不正当竞争优势（如未通过公开招标程序中标），可能违反《招标投标法》或《反不正当竞争法》。

3. 处理方式与建议：

   • 国企内部处理：
     • 若涉及违规，国企应依据内部规定启动调查，对涉事人员采取纪律处分（如警告、降职、解聘等），并追缴非法所得。
     • 若涉及利益输送，国企可要求合作单位调整股权结构（如亲属退出持股），或终止合作。
   • 法律追责：
     • 若行为涉嫌犯罪（如贪污、受贿），国企应向纪检监察机关或司法机关报案，由其依法查处。
     • 若合作单位通过违规手段获取利益，国企可依据《民法典》主张合同无效或要求赔偿损失。
   • 合规整改：
     • 国企应完善内部管理制度，明确员工亲属在关联企业持股的申报与审批流程，防范利益冲突。
     • 对合作单位进行合规审查，要求其承诺不存在利益输送，并在合同中设置合规条款（如违约解除权）。

4. 预防措施：

   • 国企层面：建立亲属关系申报制度，定期排查员工与合作单位的关联关系；加强廉洁教育，明确利益冲突的禁止性规定。
   • 合作单位层面：在合作前主动披露股东信息，避免因信息不对称导致违规；与国企签订合规协议，明确双方责任。

总结：合作单位股东是国企人员亲属是否违规，需结合具体行为判断。若存在利益输送或违反内部规定，国企应及时处理并追责；若无违规情形，仍需通过合规管理防范风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的法律适用问题。