实际施工人不能起诉发包人的情况主要存在于借用资质及多层转包和违法分包关系中，这是根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》的相关规定得出的结论。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与解释
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第四十三条：
- 该条款规定，实际施工人以转包人、违法分包人为被告起诉的，人民法院应当依法受理。
- 同时，实际施工人以发包人为被告主张权利的，人民法院应当追加转包人或者违法分包人为本案第三人，在查明发包人欠付转包人或者违法分包人建设工程价款的数额后，判决发包人在欠付建设工程价款范围内对实际施工人承担责任。
- 但关键在于，该条款所保护的实际施工人不包含借用资质及多层转包和违法分包关系中的实际施工人。
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第四十四条：
- 该条款进一步明确了，突破合同相对性原则请求发包人在欠付工程款范围内承担责任的实际施工人，不包括借用资质及多层转包和违法分包关系中的实际施工人。
二、不能起诉发包人的具体情形
借用资质的实际施工人：
- 在这类情形中，实际施工人通过借用有资质的建筑企业的名义承揽工程，违反了法律法规的强制性规定。
- 由于这种行为的违法性，法律不保护这种实际施工人突破合同相对性原则直接起诉发包人的权利。
多层转包和违法分包中的实际施工人：
- 在多层转包和违法分包的情况下，工程可能经过多次转手，导致实际施工人与发包人之间隔了多层合同关系。
- 这种复杂的合同关系使得实际施工人难以直接证明其与发包人之间的权利义务关系，且多层转包和违法分包本身也是违法的。
- 因此，法律同样不保护这类实际施工人突破合同相对性原则直接起诉发包人的权利。
三、法律后果与建议
法律后果：
- 如果实际施工人属于借用资质或多层转包和违法分包关系中的实际施工人，那么其将无法直接起诉发包人要求支付工程款。
- 这可能导致实际施工人的权益难以得到保障，尤其是在转包人或违法分包人无力支付或拒不支付工程款的情况下。
建议：
- 对于实际施工人而言，应尽量避免借用资质或参与多层转包和违法分包行为，以维护自身合法权益。
- 在承揽工程时，应确保与发包人或具有合法资质的承包人签订有效的建设工程施工合同，并明确双方的权利义务关系。
- 如果发生工程款纠纷，应及时咨询专业律师，了解自身权益和可行的法律途径，以便采取合适的法律措施维护自身权益。
总结来说，实际施工人不能起诉发包人的情况主要存在于借用资质及多层转包和违法分包关系中。这是为了维护建筑市场的正常秩序和保护合法承包人的权益而作出的法律规定。如果你在实际操作中遇到相关问题或有任何疑问，可以直接向我咨询。