非机动车主责方赔偿给4S店时，应由4S店向赔偿方（非机动车主责方）开具增值税普通发票或增值税专用发票，具体取决于4S店的纳税人身份及赔偿方的需求。以下从不同角度详细分析：

一、发票类型与4S店纳税人身份的关系

1. 若4S店为一般纳税人：

   • 4S店可以开具增值税专用发票或增值税普通发票。
   • 增值税专用发票可用于赔偿方（如为一般纳税人）进行进项税额抵扣，降低其税负。
   • 增值税普通发票则用于赔偿方（如为非一般纳税人或不需要抵扣进项税额的情况）作为费用支出的凭证。

2. 若4S店为小规模纳税人：

   • 4S店通常只能开具增值税普通发票。
   • 在特定情况下（如符合相关税收政策），小规模纳税人也可能通过税务机关代开增值税专用发票，但这种情况较为少见，且需满足一定条件。

二、发票内容与赔偿项目的对应

• 发票内容应与赔偿项目一致，即应明确标注为“车辆维修费”或相关赔偿项目。
• 确保发票上的金额与赔偿协议或法院判决中的金额相符，以避免后续纠纷。

三、实际操作中的注意事项

1. 赔偿协议或法院判决：

   • 在赔偿前，双方应签订赔偿协议或依据法院判决明确赔偿金额、方式及发票开具等事项。
   • 赔偿协议或法院判决是开具发票的重要依据，应确保其内容清晰、明确。

2. 发票的合法性与有效性：

   • 4S店开具的发票应符合国家税收法律法规的规定，确保发票的合法性与有效性。
   • 赔偿方在收到发票后，应仔细核对发票内容、金额及开票单位等信息，确保发票的真实性与准确性。

3. 税务处理与合规性：

   • 赔偿方在收到发票后，应按照国家税收法律法规的规定进行税务处理，如进行进项税额抵扣（如适用）或作为费用支出入账等。
   • 双方应确保整个赔偿及发票开具过程的合规性，以避免税务风险及法律纠纷。