4S店在肇事者支付维修费的情况下，可以且应当开具正规发票。具体分析如下：

1. 法律义务角度
   根据《中华人民共和国发票管理办法》第十九条，销售商品、提供服务或从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项时，收款方应当向付款方开具发票。4S店作为维修服务的提供方，无论付款方是车主本人还是肇事者（或其保险公司），均负有开具发票的法定义务。若4S店拒绝开具发票，可能面临税务机关的行政处罚。

2. 付款方身份不影响发票开具
   实践中，维修费可能由三种主体支付：

   • 车主自付：4S店直接向车主开具发票；
     
   • 肇事者直接支付：4S店应向肇事者开具发票（需肇事者提供身份信息及付款证明）；
     
   • 保险公司代付：4S店需根据保险公司要求开具发票（可能包含车主或保险公司为抬头）。
     关键点：付款方与发票抬头需一致，若肇事者要求将发票开给其本人，4S店需配合；若开给车主，则需车主与肇事者协商一致。

3. 实务操作建议

   • 明确付款主体：维修前应与4S店、肇事者（或保险公司）确认付款方及发票抬头，避免后续纠纷；
     
   • 保留付款凭证：若肇事者直接支付，需留存转账记录、收据等证据，证明款项实际由其承担；
     
   • 拒绝“不开票降价”：4S店若以“不开票可优惠”为由规避税务，可能涉及偷税漏税，车主或肇事者均有权要求其依法开票。

总结：4S店必须开具发票，但需注意付款方与发票抬头的一致性。若遇4S店拒绝开票，可向当地税务机关举报（拨打12366纳税服务热线）。如有其他复杂情形（如保险理赔纠纷、维修质量争议等），可进一步向我咨询。