结论：关于十二小时两班倒的夜班员工困了是否应让休息以及是否会被认定为睡岗进行处罚的问题，不能一概而论，需结合具体情况、公司规章制度以及相关法律法规来综合判断。以下从不同角度进行分析：
公司规章制度的角度：
- 规章制度内容：首先，需要查看公司的具体规章制度中关于“睡岗”的定义以及相应的处罚措施。如果规章制度中明确规定了夜班期间不允许睡觉，且对“睡岗”有明确的界定（如闭眼、长时间无工作动作等），那么员工在夜班期间睡觉就可能构成睡岗，面临处罚。
- 规章制度的合法性：然而，公司的规章制度也必须符合法律法规的规定。如果规章制度过于严苛，不合理地剥夺了员工的休息权，或者对“睡岗”的界定过于模糊、主观，那么这样的规章制度可能因违法或不合理而被视为无效。
法律法规的角度：
- 劳动法规定：根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，劳动者有获得休息休假的权利。对于长时间工作的员工，如十二小时两班倒的情况，公司应当合理安排休息时间，确保员工的身心健康。如果员工因长时间工作而感到困倦，公司应当考虑提供适当的休息环境或安排轮休，而不是简单地认定为睡岗进行处罚。
- 安全生产角度：从安全生产的角度来看，如果员工因困倦而无法保持清醒的工作状态，可能会增加事故的风险。因此，公司有责任确保员工在工作期间保持清醒和专注，但这并不意味着可以简单地通过处罚来解决问题，而应当通过改善工作环境、合理安排工作时间等方式来预防。
实际操作与合理性的角度：
- 实际操作：在实际操作中，公司应当根据员工的实际工作情况和身体状况来灵活处理。如果员工确实因长时间工作而感到困倦，且这种困倦已经影响到了工作质量和安全，那么公司应当考虑让员工适当休息，而不是直接认定为睡岗进行处罚。
- 合理性：处罚应当具有合理性。如果公司对员工的处罚过于严厉或不合理，可能会引发员工的不满和抵触情绪，甚至可能导致劳动纠纷。因此，公司在制定和执行规章制度时，应当充分考虑员工的实际情况和合理需求。
建议：
- 对于公司而言，应当制定合理、明确的规章制度，明确“睡岗”的定义和处罚措施，并确保这些规章制度符合法律法规的规定。同时，公司应当关注员工的身心健康和工作状态，合理安排工作时间和休息时间，提供必要的工作环境和条件支持。
- 对于员工而言，如果因长时间工作而感到困倦或无法保持清醒的工作状态，应当及时向公司反映并寻求帮助。如果公司不合理地认定为睡岗进行处罚，员工可以通过合法途径维护自己的权益。
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