针对您提出的“项目建议书批复过期，违法先建怎么处理”的问题，这涉及到“未批先建”的违法行为及其相应的处理措施。以下是我为您提供的详细解答：
一、关于“未批先建”的认定
“未批先建”指的是建设项目在未依法进行生态环境影响评价、未取得环评批准文件的情况下，擅自开工建设的行为。这包括未依法报批建设项目环境影响报告书（表），或者未按照规定重新报批或重新审核环境影响报告书（表），就擅自开工建设的违法行为。
二、关于“未批先建”的处罚
根据《中华人民共和国生态环境法典》的相关规定，对于“未批先建”的违法行为，将面临以下处罚：
责令停止建设：环保部门有权责令违法建设项目立即停止建设。
恢复原状：在必要时，可以责令建设单位将违法建设的部分恢复原状。
罚款：
行政拘留：对于被责令停止建设或恢复原状，但拒不执行的建设单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员，可以实施行政拘留，拘留期限为10日以上15日以下；情节较轻的，为5日以上10日以下。
三、关于项目建议书批复过期后的处理
如果项目建议书批复已经过期，而建设单位仍然擅自开工建设，这同样构成“未批先建”的违法行为。此时，建设单位应：
立即停止建设：避免违法行为继续进行，减少损失和风险。
主动补交环境影响报告书（表）：虽然新环境保护法和新环境影响评价法未禁止建设单位主动补交环境影响报告书（表）报送审批，但建设单位需承担因“未批先建”而可能面临的处罚。补交后，有权审批的环保部门将根据项目情况作出相应处理。
配合环保部门调查：如实提供相关资料，接受环保部门的调查和处理。
四、建议与措施
提前规划，依法环评：在项目启动前，确认是否需要编制环评文件，并按规定编制报告书、报告表或填报登记表。在取得批准或完成备案前，绝不开工建设。
重视环评文件质量：选择有资质、信誉好的技术单位进行环评，确保基础资料真实、准确、完整，避免形式主义环评。
落实环保措施：环评文件获批后，严格落实提出的环保对策措施，确保环保设施与主体工程“三同时”（同时设计、同时施工、同时投产使用）。
依法整改，切勿“硬抗”：如果已被责令停止建设，应立即停止并整改，切勿抱有侥幸心理继续违法建设。
综上所述，对于“项目建议书批复过期，违法先建”的情况，建设单位应立即停止建设，主动补交环境影响报告书（表），并配合环保部门的调查和处理。同时，建议建设单位在未来的项目中提前规划、依法环评，避免类似违法行为的再次发生。