项目已开工建设但核准文件过期，应依据相关规定处理，主要包括申请延期或重新办理核准手续。具体分析如下：

一. 项目核准文件的有效期及延期规定

1. 有效期：根据《企业投资项目核准和备案管理办法》及《云南省企业投资项目核准和备案实施办法》，项目自核准机关出具项目核准文件或同意项目变更决定之日起2年内应开工建设。

2. 延期申请：若因不可抗力等因素需要延期开工建设的，项目单位应当在2年期限届满的30个工作日前，向项目核准机关申请延期开工建设。延期只能申请一次，且期限最长不得超过1年。

3. 未申请延期的后果：在2年期限内未开工建设也未按照规定向项目核准机关申请延期的，项目核准文件或同意项目变更决定自动失效。

• 例如，若某项目于2023年1月1日获得核准，但直至2025年2月1日仍未开工建设，且未申请延期，则该项目的核准文件将自动失效。

二. 处理建议

1. 检查开工时间：首先确认项目的实际开工时间，以及是否已超过核准文件的有效期。

2. 申请延期：若项目确实因不可抗力等因素导致延期开工，且仍在可申请延期的期限内，应立即向项目核准机关提交延期申请，并附上相关证明材料。

3. 重新办理核准手续：若项目核准文件已自动失效，或无法申请延期，项目单位应重新向项目核准机关提交项目申请报告，并依法依规办理新的核准手续。

• 例如，若某项目因资金问题导致延期开工，且已超过可申请延期的期限，则该项目单位应重新准备项目申请报告，并向项目核准机关申请新的核准文件。

我建议项目单位应密切关注核准文件的有效期，确保在有效期内开工建设。若因特殊原因需延期开工，应及时向项目核准机关申请延期，以避免核准文件失效带来的不必要的麻烦。如有进一步需要，您可以继续咨询我。