结论：擅自使用未经验收的工程，并不直接视为工程已经正式验收合格。但根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》的相关规定，这种行为可能会影响竣工日期的确定，并且承包人仍需对特定部分的质量问题承担责任。
法律背景与依据：
竣工验收的重要性：
- 竣工验收是确保工程质量、安全性和合规性的关键环节，它要求工程必须满足设计要求、合同约定以及相关法律法规和标准的规定。
- 未经正式验收，工程的质量、安全性等无法得到官方确认，因此不能视为已经合格。
擅自使用的法律后果：
- 根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第九条，建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用的，以转移占有建设工程之日为竣工日期。但这并不意味着工程质量问题被豁免或工程已经正式验收合格。
- 擅自使用未经验收的工程，可能被视为发包人对工程现状的默认接受，但这并不改变工程需要经过正式验收才能视为合格的事实。
承包人的质量责任：
- 即使工程被擅自使用，承包人仍需对地基基础工程和主体结构等关键部分的质量问题承担民事责任。这些部分的质量问题直接关系到工程的安全性和稳定性，因此不能因擅自使用而被豁免。
法律建议：
遵守法律法规和合同条款：
- 各方应严格遵守工程建设的法律法规和合同条款，确保工程按照设计要求、合同约定以及相关法律法规和标准的规定进行建设和验收。
避免擅自使用未经验收的工程：
- 发包人应避免在工程未经正式验收前擅自使用，以免引发法律纠纷和风险。如果确实需要提前使用，应与承包人协商并签订相关协议，明确双方的权利和义务。
及时沟通解决质量问题：
- 如果在工程使用过程中发现质量问题，发包人应及时与承包人沟通解决。对于严重的质量问题，特别是地基基础工程和主体结构问题，应及时采取措施进行修复或加固，确保工程的安全性和稳定性。
可能的法律后果：
- 如果发包人擅自使用未经验收的工程，并因此导致工程质量问题或安全事故，发包人可能需要承担相应的法律责任，包括赔偿损失、承担修复费用等。
- 同时，承包人也可能因未履行好质量责任而面临法律纠纷和处罚。
综上所述，擅自使用未经验收的工程并不直接视为工程已经正式验收合格。各方应严格遵守相关法律法规和合同条款，确保工程的顺利进行和合法使用。如果您在建设工程领域遇到任何法律问题或纠纷，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。