擅自使用未经验收的工程，结算责任的承担需分情况讨论，具体如下：

1. 发包人擅自使用未经验收工程，视为认可工程质量合格或同意自担质量问题责任

   • 根据《民法典》第七百九十九条，建设工程竣工后，发包人应及时验收。验收合格后支付价款并接收工程，未经验收或验收不合格不得交付使用。若发包人擅自使用未经验收工程，法律上视为其认可工程质量合格，或同意对质量问题自担责任。此时，发包人放弃了对工程质量缺陷的抗辩权，再以质量问题主张权利（如拒付工程款）的，不应得到支持。
   • 例外情形：承包人仍需对地基基础工程和主体结构质量在合理使用寿命内承担民事责任。若此类部分出现质量问题，承包人不能免责。

2. 结算责任的具体承担

   • 发包人责任：擅自使用未经验收工程后，若工程整体质量（除地基基础和主体结构外）出现问题，发包人通常需承担结算责任。因其行为视为接受工程现状，无权以质量问题为由拒付工程款。
   • 承包人责任：若质量问题源于承包人施工不当或材料问题（如地基基础、主体结构缺陷），承包人仍需承担修复费用或赔偿责任。此时，发包人可要求承包人履行修复义务或赔偿损失，但不影响工程款结算（除非合同另有约定）。

3. 行政责任与民事赔偿

   • 根据相关法规，责令建设单位改正擅自使用未经验收工程的行为，并处工程合同价款2%以上4%以下的罚款；造成损失的，依法承担赔偿责任。这一规定从行政监管角度强化了发包人对验收程序的遵守义务。

法律建议：

• 对发包人而言，务必严格遵守验收程序，未经验收或验收不合格不得擅自使用工程，否则可能面临工程质量风险、行政处罚及无法以质量问题抗辩结算的风险。
• 对承包人而言，应确保施工质量符合标准，尤其是地基基础和主体结构部分。若发包人擅自使用工程后出现质量问题，需区分责任范围，避免过度担责。
• 双方可在合同中明确验收流程、质量标准及结算条款，减少纠纷。例如，约定“未经验收擅自使用视为合格，但承包人对隐蔽工程缺陷仍需担责”等条款。

示例：

• 某工程未经验收，发包人因急需使用而擅自投入运营。后因非地基基础问题（如装修质量）产生纠纷，发包人以质量问题拒付工程款。法院可能认定发包人行为视为接受工程，判决其支付工程款，但可另行起诉承包人承担修复费用。
• 若工程因承包人施工导致地基沉降，发包人擅自使用后出现事故，承包人仍需对地基部分承担责任，发包人可要求其赔偿损失。

总结：擅自使用未经验收工程的结算责任，核心在于发包人行为是否构成对工程质量的认可。发包人需谨慎对待验收程序，承包人则需确保关键部分质量。如有具体纠纷，可进一步向我咨询细节。