针对您提出的“工程未经验收擅自使用的罚款是否会罚施工单位”这一问题，以下是我的详细解答：
首先，明确结论：
工程未经验收擅自使用，施工单位确实可能面临罚款，但具体是否罚款以及罚款的幅度，取决于施工单位在其中的角色和配合程度。
法律依据与责任界定：
建设单位责任：
- 根据《中华人民共和国建筑法》和《建设工程质量管理条例》，建设工程必须经验收合格后，方可交付使用。建设单位若未经验收擅自使用，将面临严厉的行政处罚，包括责令改正和处以工程合同价款百分之二至百分之四的罚款。
施工单位责任：
- 施工单位作为工程的建造者，有责任确保工程按照设计要求和施工规范进行施工，并配合建设单位进行验收。若施工单位配合建设单位擅自使用未经验收的工程，也可能被视为违法行为，面临相应的行政处罚。
- 具体来说，施工单位可能被处以工程合同价款百分之一至百分之三的罚款，并可能面临降低资质等级或吊销资质证书的处罚。
法律后果分析：
质量责任：
- 若工程未经验收擅自使用，并出现质量问题（除地基基础和主体结构外），建设单位需自行承担后果，因为其已通过擅自使用行为表明接受了工程现状。
- 但对于地基基础和主体结构的质量问题，施工单位仍需在建设工程的合理使用寿命内承担民事责任，即使工程已被擅自使用。
行政处罚：
- 除了罚款外，施工单位还可能面临其他行政处罚，如警告、责令停业整顿等，具体取决于违法行为的严重程度和监管部门的判断。
应对措施与建议：
施工单位：
- 应严格遵守相关法律法规，确保工程按照设计要求和施工规范进行施工。
- 在工程完工后，应积极配合建设单位进行验收工作，提供必要的资料和协助。
- 若发现建设单位擅自使用未经验收的工程，应及时发出书面通知，告知其违法性，并保留好相关证据。
建设单位：
- 应严格遵守验收程序，确保工程经验收合格后再交付使用。
- 若因特殊原因需要提前使用工程，应与施工单位和监管部门沟通协商，并按照规定办理相关手续。
总结：
工程未经验收擅自使用是严重的违法行为，不仅可能导致工程质量问题，还可能危及公共安全。施工单位作为工程的建造者，有责任确保工程合法合规地交付使用。若施工单位配合建设单位擅自使用未经验收的工程，将可能面临罚款和其他行政处罚。因此，建议施工单位和建设单位都严格遵守相关法律法规，确保工程经验收合格后再交付使用。