结论前置：工程未验收但实际投入使用，是违反法律法规的行为，将面临行政处罚、民事赔偿以及可能承担的刑事责任。同时，这种行为还可能导致工程质量无法得到保障，进而引发一系列后续问题。
一、行政处罚
法律依据：
- 根据《中华人民共和国建筑法》第六十一条，建筑工程竣工经验收合格后，方可交付使用；未经验收或者验收不合格的，不得交付使用。
- 《建设工程质量管理条例》第五十八条也明确规定，违反本条例规定，建设单位未组织竣工验收，擅自交付使用的，责令改正，处工程合同价款2%以上4%以下的罚款；造成损失的，依法承担赔偿责任。
处罚措施：
- 行政主管部门有权责令建设单位停止使用未经验收的工程，并限期组织验收。
- 若逾期不改正，将处以罚款，罚款金额通常为工程合同价款的2%至4%。例如，若工程合同价款为1000万元，则罚款金额可能在20万元至40万元之间。
二、民事赔偿
质量责任：
- 根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第十四条，建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用后，又以使用部分质量不符合约定为由主张权利的，人民法院不予支持；但是承包人应当在建设工程的合理使用寿命内对地基基础工程和主体结构质量承担民事责任。
- 这意味着，若因未经验收擅自使用导致除地基基础工程和主体结构外的质量问题，发包人通常无法再向承包人主张权利，需自行承担相应后果。
赔偿范围：
- 若因未经验收擅自使用导致工程质量问题，进而造成人身伤害或财产损失，建设单位需承担相应的赔偿责任。
- 赔偿范围可能包括修复费用、停工损失、第三方索赔等。
三、刑事责任（极端情况下）
构成犯罪的情形：
- 若未经验收擅自使用的行为导致重大安全事故或其他严重后果，可能构成犯罪，如工程重大安全事故罪。
刑事责任承担：
- 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，构成犯罪的，依法追究刑事责任，可能面临有期徒刑、罚金等处罚。
四、实际操作建议
立即停止使用：
- 若发现工程未经验收但已实际投入使用，应立即停止使用，以避免进一步的法律风险和工程质量问题。
组织补验：
- 尽快组织相关单位进行竣工验收，确保工程符合国家标准和合同约定。
法律咨询与应对：
- 在此过程中，建议咨询专业律师，以了解具体的法律责任和应对策略。律师可以提供法律意见，协助处理与行政主管部门、承包商、监理单位等的沟通与协调工作。
举例说明：假设某工程项目合同价款为500万元，建设单位未组织竣工验收就擅自让工程项目投入使用。根据《建设工程质量管理条例》第五十八条的规定，建设单位可能面临10万元（500万×2%）到20万元（500万×4%）的罚款。同时，如果因此导致质量问题或安全事故，建设单位还需承担相应的民事赔偿责任，甚至可能面临刑事责任。
工程未验收但实际投入使用是严重的违法行为，将面临多方面的法律后果。因此，建议各相关主体严格遵守相关法律法规，确保工程项目在验收合格后再交付使用。如有任何法律问题，欢迎直接向我咨询。