结论：电商“一店一公司”但员工相同的情况下，是否会被查取决于多个因素，包括但不限于公司的运营模式、税务合规性、员工管理以及是否存在不正当竞争等行为。以下从不同角度进行详细分析：

1. 税务合规性角度：

   • 税务登记与申报：每个公司都需要独立进行税务登记，并按照税法规定进行纳税申报。如果“一店一公司”中的各个公司都依法进行了税务登记，并按时申报纳税，那么从税务合规性的角度来看，它们并不因为员工相同而必然会被查。
   • 税务稽查重点：税务稽查通常关注公司的收入、成本、费用等是否真实反映了公司的经营状况，以及是否存在偷税、漏税等违法行为。如果公司能够提供完整的财务账簿和税务资料，证明其税务合规性，那么即使员工相同，也不一定会成为税务稽查的重点。

2. 员工管理角度：

   • 劳动合同与社保：每个公司都需要与员工签订劳动合同，并依法为员工缴纳社会保险。如果“一店一公司”中的各个公司都做到了这一点，那么从员工管理的角度来看，它们并不违反相关法律法规。
   • 员工兼职与全职：如果员工在多个公司之间兼职或全职工作，需要确保这些安排符合劳动法的规定，如工作时间、工资支付等。如果公司能够妥善处理这些问题，那么员工相同并不会成为被查的原因。

3. 不正当竞争角度：

   • 市场行为：如果“一店一公司”中的各个公司利用相同的员工资源进行不正当竞争，如虚假宣传、价格欺诈等，那么这些行为可能会引起市场监管部门的注意，并导致被查。
   • 商业秘密保护：如果员工在多个公司之间共享商业秘密或敏感信息，可能会构成对商业秘密的侵犯，这也是市场监管部门关注的一个方面。

4. 其他监管角度：

   • 行业监管：不同行业可能有不同的监管要求，如电商行业可能需要遵守电子商务法、消费者权益保护法等。如果“一店一公司”中的各个公司能够遵守相关行业的法律法规，那么它们并不因为员工相同而必然会被查。
   • 公司治理结构：虽然员工相同本身不是被查的直接原因，但如果公司的治理结构存在缺陷，如股东结构复杂、关联交易频繁等，可能会引起监管部门的关注。

建议：

• 确保税务合规：每个公司都应独立进行税务登记和申报，确保税务合规性。
• 完善员工管理：与员工签订劳动合同，依法缴纳社会保险，妥善处理兼职与全职问题。
• 遵守市场规则：避免进行不正当竞争行为，保护商业秘密和敏感信息。
• 关注行业监管：了解并遵守所在行业的法律法规和监管要求。

如果“一店一公司”中的各个公司能够确保上述各方面的合规性，那么即使员工相同，也不一定会被查。然而，如果存在任何违规行为或潜在风险，都可能成为被查的原因。因此，建议公司定期进行自查和风险评估，以确保合规运营。如有任何法律疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。