针对医药公司对公打款拿货后，对方仅交付部分货物且拒绝退还剩余款项的情况，您可以通过协商、投诉举报、民事诉讼三种途径解决，具体操作如下：

1. 协商解决（优先尝试）

• 操作步骤：
  
  1. 整理所有交易证据（合同、付款凭证、发货记录、沟通记录等）；
     
  2. 书面致函医药公司，明确要求其履行合同义务（补发货物或退款），并设定合理期限（如7-15日）；
     
  3. 若对方口头承诺但未行动，可要求其出具书面还款计划或补充协议。
     
• 法律依据：
  根据《民法典》第577条，当事人一方不履行合同义务的，应承担继续履行、赔偿损失等违约责任。

2. 投诉举报（行政干预）

• 适用情形：
  若医药公司存在欺诈、虚假宣传或违反行业监管规定（如未取得药品经营资质）。
  
• 操作步骤：
  
  1. 向当地市场监督管理局投诉（12315平台），举报其违约或违法行为；
     
  2. 若涉及药品质量问题，可向药品监督管理部门举报；
     
  3. 同步向税务部门举报其可能存在的偷逃税行为（如未开具发票）。
     
• 效果：
  行政机关介入调查可能迫使对方主动和解，或对其行政处罚（如罚款、吊销执照）。

3. 民事诉讼（终极手段）

• 起诉条件：
  协商、投诉无果，且证据充分（合同、付款记录、对方违约证明等）。
  
• 操作步骤：
  
  1. 确定管辖法院：一般为公司住所地或合同履行地法院；
     
  2. 准备材料：起诉状、证据清单、双方主体信息（营业执照等）；
     
  3. 诉讼请求：
     
     • 要求解除合同并退还剩余款项；
       
     • 要求支付违约金（如合同有约定）；
       
     • 要求赔偿利息损失（按LPR计算自逾期之日起）。
       
• 注意事项：
  若对方可能转移财产，可同步申请财产保全（冻结其银行账户或等值资产）。

⚠️ 关键风险提示

• 诉讼时效：自知道权利受损之日起3年内起诉，逾期将丧失胜诉权；
  
• 证据效力：确保所有书面材料（如合同、聊天记录）有对方签字或盖章，电子证据需保留原始载体；
  
• 执行难度：若对方无财产可供执行，可能面临“赢了官司拿不到钱”的风险，建议提前调查其资产状况。

建议行动顺序：协商 → 投诉 → 诉讼。若金额较大或对方态度恶劣，可直接委托律师介入谈判或起诉，以提高效率。如有进一步证据或细节需要分析，可随时向我补充说明。