关于多层违法转包工程款结算的问题，首先我们要明确的是，多层违法转包在建筑工程中是违法的行为，它违反了《中华人民共和国建筑法》、《中华人民共和国合同法》以及相关的工程建设管理规定。因此，工程款结算在这样的背景下会变得相对复杂，且可能面临法律风险。
核心结论：多层违法转包导致的工程款结算问题，应基于合同的实际履行情况、违法转包的层级与责任划分，以及相关法律法规的规定来进行处理。具体结算方式需根据实际情况灵活调整，并尽可能通过协商或法律途径解决争议。
详细分析：
合同实际履行情况：
- 在多层违法转包的情况下，首先要梳理各层转包合同的实际履行情况，包括工程量的完成、工程质量的验收、工程款的支付与拖欠情况等。
- 若实际施工人完成了合同约定的工程量，且工程质量符合验收标准，则有权要求支付相应的工程款。
违法转包的层级与责任划分：
- 多层违法转包中，每一层转包方都可能对工程款的支付承担连带责任。因此，在结算工程款时，需要明确各层转包方的责任划分。
- 若某一层转包方无力支付工程款，可向其上一层转包方或发包方追索。
相关法律法规的规定：
- 根据《中华人民共和国建筑法》等相关法律法规，违法转包是禁止的行为。因此，在结算工程款时，应考虑到违法行为的法律后果。
- 若因违法转包导致工程款结算纠纷，可通过法律途径解决，如起诉至法院或申请仲裁。
结算建议：
- 在多层违法转包的情况下，建议实际施工人首先与直接转包方进行协商，尝试达成工程款结算协议。
- 若协商无果，可寻求法律援助或向相关部门投诉举报违法转包行为。
- 在法律程序中，应充分举证证明自己的施工量、工程质量以及工程款拖欠情况，以维护自身合法权益。
综上所述，多层违法转包工程款结算是一个复杂且敏感的问题。在处理此类问题时，应充分考虑合同实际履行情况、违法转包的层级与责任划分以及相关法律法规的规定。同时，建议实际施工人积极寻求法律援助和协商解决方案，以维护自身合法权益。