违法分包工程款的结算方式需根据工程验收情况、合同约定及法律法规综合确定，具体如下：
一、工程验收合格时的结算方式
参照合同约定支付：
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第七百九十三条，建设工程施工合同无效，但建设工程经验收合格的，可以参照合同关于工程价款的约定折价补偿承包人。
- 支付原则：发包人应当参照合同约定支付工程款，包括计价方式、支付时间等。若合同中有明确约定，如固定总价、单价乘以工程量等方式，应按照约定计算工程价款。
- 利息支付：发包人还需支付欠付工程款的利息，利息从应付工程价款之日开始计付，标准一般按照全国银行间同业拆借中心公布的同期同类贷款市场报价利率计算。
协商与诉讼：
- 若双方无法协商确定折价补偿方式，承包人可以依法向人民法院提起诉讼，请求法院根据实际情况判决工程款金额。
二、工程验收不合格时的结算方式
可修复的情况：
- 修复责任：若工程验收不合格但可修复，承包人应承担修复费用，并负责修复至合格标准。
- 支付调整：修复后，发包人应支付修复后的工程款，但可以从中扣除修复费用。若修复费用较高，可能导致承包人实际获得的工程款减少。
无法修复的情况：
- 无权请求补偿：若工程验收不合格且无法修复，承包人无权请求参照合同关于工程价款的约定折价补偿。
- 发包人权利：发包人有权拒绝支付工程款，并可以要求承包人承担相应的违约责任，如赔偿因工程不合格造成的损失。
三、特殊情况下的结算方式
发包人未答复视为认可：
- 若合同中约定了发包人在收到竣工结算文件后一定期限内不予答复则视为认可，承包人可以请求按照竣工结算文件结算工程价款，人民法院应予支持。这一规定旨在保护承包人的合法权益，防止发包人恶意拖延结算。
实际施工人以发包人为被告主张权利：
- 实际施工人以发包人为被告主张权利的，人民法院应追加转包人或违法分包人为第三人，查明发包人欠付的工程款数额后，判决发包人在欠付范围内对实际施工人承担责任。这一规定有助于实际施工人及时获得工程款，维护其合法权益。
四、法律责任与后果
行政处罚：
- 根据《中华人民共和国建筑法》第六十七条，承包单位将承包的工程转包或违法分包的，将面临责令改正、没收违法所得、罚款等行政处罚。情节严重的，还可能被责令停业整顿、降低资质等级或吊销资质证书。
连带赔偿责任：
- 对因转包工程或违法分包工程不符合规定质量标准造成的损失，承包单位与接受转包或分包的单位需承担连带赔偿责任。这意味着，若工程出现质量问题，发包人可以要求承包单位和接受转包或分包的单位共同承担赔偿责任。
五、注意事项与建议
确保工程验收合格：
- 这是进行工程款结算的前提条件。未经验收或验收不合格的工程，实际施工人可能无法主张工程款。因此，承包人应确保工程质量符合合同约定和法律法规要求。
收集并保存证据：
- 包括合同、施工图纸、工程量清单、签证单、施工记录、验收报告、结算单、付款凭证等。这些证据在结算过程中至关重要，有助于证明实际施工情况和工程款金额。
协商与诉讼：
- 遇到争议时，应首先尝试通过协商的方式解决。协商不成时，可依法向人民法院提起诉讼，维护自身权益。在诉讼过程中，应提供充分的证据支持自己的主张。
遵守法律法规：
- 承包人应严格遵守相关法律法规，避免违法分包等行为。违法分包不仅可能导致合同无效、无法获得工程款，还可能面临行政处罚和连带赔偿责任等严重后果。
综上所述，违法分包工程款的结算方式需根据工程验收情况、合同约定及法律法规综合确定。在实际操作中，应严格遵守法律法规，确保工程质量合格，并收集保存好相关证据，以便在发生纠纷时维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。