在处理违法转包与总包方之间的结算问题时，我们首先要明确的是，违法转包是受到法律严格禁止的，因为它可能引发一系列工程质量、安全及法律责任问题。不过，就结算本身而言，我们可以依据相关法律法规来探讨其处理方式。
一、违法转包的认定与合同效力
违法转包通常指的是承包人将工程分包给不具备相应资质条件的单位，或者分包单位再次分包，以及未经建设单位认可的分包等行为。根据《中华人民共和国民法典》和《中华人民共和国建筑法》的相关规定，这样的分包合同是无效的。
二、结算的核心原则
质量合格为前提：无论合同是否有效，工程款的结算都应以工程验收合格为前提。如果工程未经验收或验收不合格，总包方有权拒绝支付工程款。
折价补偿原则：由于违法转包合同无效，总包方不能直接按照合同约定支付工程款，而是需要参照合同约定的工程价款进行折价补偿。这是基于《民法典》中关于无效合同处理的规定，旨在平衡双方利益，保障实际施工人的合法权益。
三、具体结算方法
有约定按约定结算：如果总包方与转包方（或实际施工人）之间有明确的书面合同，并约定了工程款的支付方式、金额等条款，且工程验收合格，那么应首先参照这些合同条款进行结算。
无约定或约定不明时的处理：
发包人未答复视为认可：如果合同中约定了发包人在收到竣工结算文件后一定期限内不予答复则视为认可，那么承包人可以请求按照竣工结算文件结算工程价款，这一请求通常会得到人民法院的支持。
四、特殊情况处理
工程竣工验收不合格：
发包人责任：如果实际施工人以发包人为被告主张权利，人民法院应追加转包人或违法分包人为第三人，查明发包人欠付的工程款数额后，判决发包人在欠付范围内对实际施工人承担责任。
五、注意事项与法律责任
确保工程验收合格：这是进行工程款结算的前提条件。未经验收或验收不合格的工程，实际施工人可能无法主张工程款。
收集并保存证据：包括合同、施工图纸、工程量清单、签证单等。这些证据在结算过程中至关重要，能够证明实际施工人的工作量、工程质量及应得工程款等。
协商与诉讼：遇到争议时，应首先尝试协商解决；协商不成时，可依法向人民法院提起诉讼，维护自身权益。
法律责任：承包单位将工程违法转包的，将面临责令改正、没收违法所得、罚款等行政处罚，并对因违法转包导致的工程质量问题承担连带赔偿责任。
综上所述，违法转包与总包方之间的结算问题是一个复杂且涉及多个法律问题的过程。在实际操作中，应严格遵守法律法规，综合考虑合同约定、实际情况及法律责任，确保工程款的合理合法结算。如果遇到具体问题或争议，建议咨询专业律师或相关机构以获取更具体的法律建议和帮助。