结论：公司以员工上班迟到为由扣钱，但加班却不给加班费的做法，通常是不合适的，可能违反了劳动法的相关规定。以下从多个角度进行详细分析：
一、迟到扣钱的合法性
- 公司规章制度：公司有权根据自身的规章制度对员工进行管理，包括对迟到等违纪行为进行处罚。然而，这种处罚必须合理、合法，并且不能违反劳动法的强制性规定。
- 劳动法规定：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，公司对员工的罚款应当有明确的规章制度作为依据，且罚款的金额和方式应当合理。如果公司没有明确的规章制度，或者规章制度中的罚款条款违反了法律、法规的规定，那么公司对员工的罚款就可能是违法的。
- 合理性判断：即使公司有规章制度对迟到进行罚款，也需要判断罚款的合理性。例如，罚款金额是否过高，是否超过了员工因迟到给公司造成的实际损失等。
二、加班不给加班费的违法性
加班费支付义务：根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
- 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
- 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
- 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
违法后果：如果公司加班却不给加班费，就违反了上述法律规定，员工有权要求公司支付加班费，并可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
三、综合分析与建议
公司行为的不合理性：公司以迟到为由扣钱，但加班却不给加班费，这种做法在法律上是不合理的。它可能违反了劳动法的相关规定，损害了员工的合法权益。
员工应对措施：
- 与公司协商：员工可以首先尝试与公司进行协商，要求公司支付加班费，并调整对迟到的罚款政策。
- 投诉与仲裁：如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，或者提起劳动仲裁，要求公司支付加班费并返还因迟到而非法扣除的工资。
- 法律咨询：在采取任何行动之前，员工可以咨询专业律师（如我），了解自己的权益和可能的法律后果，以便做出更明智的决策。
公司合规建议：公司应当遵守劳动法的相关规定，制定合理的规章制度，并确保这些规章制度不违反法律、法规的强制性规定。同时，公司应当按时足额支付员工的工资和加班费，以维护员工的合法权益和公司的良好形象。
总结：公司以员工上班迟到为由扣钱，但加班却不给加班费的做法，通常是不合适的，并可能违反了劳动法的相关规定。员工有权要求公司支付加班费，并可以对因迟到而非法扣除的工资提出异议。如有需要，员工可以向我咨询具体的法律问题和应对策略。