学校将请假算作旷课是否合法，需分情况讨论，主要取决于请假是否符合学校的规章制度以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
如果请假符合学校规章制度：
- 学生按照学校规定的请假流程，如向班主任或教务处提交书面请假申请，并获得了批准，那么在这种情况下，学生请假不应被算作旷课。学校若将此类请假视为旷课，则可能违反了其自身的规章制度，学生有权对此提出异议。
如果请假不符合学校规章制度：
- 若学生未按照学校规定的请假流程进行申请，或者申请未被批准而擅自离校，那么学校将此类行为视为旷课是合理的。因为学生有义务遵守学校的规章制度，未经批准擅自离校属于违反校规的行为。
从法律法规的角度：
- 虽然直接针对“请假算旷课是否合法”的法律法规可能并不明确，但学校作为教育机构，有权制定并执行其内部的规章制度，以维护教学秩序和学生管理。然而，这些规章制度必须合法、合理，且不得侵犯学生的合法权益。
- 如果学校的规章制度中关于请假的规定过于严苛或不合理，导致学生即使因正当理由请假也被算作旷课，那么这种规定可能因违反法律法规的公平、公正原则而无效。
建议：
- 学生应仔细阅读并了解学校的规章制度，特别是关于请假的部分，确保自己按照规定的流程进行请假。
- 如果学校将合法请假视为旷课，学生可以首先与学校相关部门进行沟通，说明情况并寻求解决方案。
- 如果沟通无果，学生可以考虑向教育主管部门或相关法律机构寻求帮助，以维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果学校错误地将合法请假视为旷课，并对学生进行相应的处罚（如扣分、警告等），学生有权要求学校撤销处罚并恢复名誉。
- 如果学校坚持其错误做法，学生可以通过法律途径维护自己的权益，如提起行政诉讼或民事诉讼等。但需要注意的是，诉讼过程可能较为复杂和耗时，因此学生在决定采取法律行动前应充分评估利弊。
总之，学校将请假算作旷课是否合法需根据具体情况判断。学生应了解并遵守学校的规章制度，同时在遇到不公待遇时积极寻求解决方案。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。