公司是否有权有效通知后扣款，需分情况讨论，核心判断标准在于扣款依据的合法性与合理性，具体分析如下：

1. 若扣款依据为劳动合同约定或规章制度规定，且程序合法
   根据《劳动合同法》第四条，公司通过民主程序制定的规章制度（如考勤制度、绩效制度）若已向员工公示或告知，且内容不违反法律强制性规定（如最低工资标准、加班费支付等），则公司可依据制度扣款。例如：员工因迟到、旷工被扣款，或因未完成业绩被扣绩效工资，但需确保：

   • 制度中明确扣款标准（如迟到1次扣50元）；
     
   • 扣款后工资不得低于当地最低工资标准；
     
   • 扣款前已向员工书面说明原因及金额。

2. 若扣款依据为法定情形（如员工造成经济损失）
   根据《工资支付暂行规定》第十六条，若员工因故意或重大过失给公司造成经济损失，公司可要求赔偿，并从工资中扣除，但需满足：

   • 每月扣除部分不得超过当月工资的20%；
     
   • 扣除后工资不得低于当地最低工资标准；
     
   • 公司需举证员工存在过错及损失金额（如监控录像、书面检讨、损失清单等）。

3. 若扣款无合法依据或程序违法，则属违法行为
   以下情形公司无权扣款：

   • 规章制度未公示或未经民主程序制定；
     
   • 扣款理由与制度或法律无关（如“员工未参加团建”扣款）；
     
   • 扣款后工资低于最低工资标准；
     
   • 未书面通知员工扣款原因及金额。
     此时员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司补发工资并赔偿。

建议：若公司拟扣款，需提前审查制度合法性、保留证据（如员工签字确认的制度、损失证明等），并书面通知员工；若员工遭遇违法扣款，可收集工资条、扣款通知等证据，通过法律途径维权。如有具体案例，可进一步向我咨询细节。