结论：关于“违法行为在二年内未被发现的，是否可以立案”的问题，需分情况讨论。一般情况下，若违法行为在二年内未被行政机关发现，则不再给予行政处罚，但这并不意味着不能立案，立案与行政处罚是两个不同的法律程序；然而，若违法行为涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果，则追溯期限延长至五年，在此期限内发现的仍可立案并给予行政处罚。
详细解释：
一般情况下的二年期限：
- 根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条的规定，违法行为在二年内未被发现的，原则上不再给予行政处罚。这一规定主要是基于行政效率的考虑，避免对长期未被发现的违法行为进行处罚，从而保护当事人的合法权益，减少不必要的法律纠纷。
- 立案与行政处罚的区别：立案是行政机关对涉嫌违法行为的初步调查程序，而行政处罚是对已查实的违法行为的制裁措施。因此，即使违法行为在二年内未被发现，行政机关仍有可能基于其他线索或举报而立案调查，只是在调查后若确认违法行为已超过二年未被发现，则不再给予行政处罚。
特殊情况下的五年期限：
- 对于涉及公民生命健康安全、金融安全且造成实际危害后果的违法行为，法律将追溯期限延长至五年。这是因为这类违法行为的社会危害性较大，需要更长时间的法律追诉期以确保公共利益得到有效保护。
- 立案与处罚的适用：在此类特殊情况下，若违法行为在五年内被行政机关发现，行政机关不仅可以立案调查，还可以在查实后给予相应的行政处罚。
期限的计算方式：
- 追溯期限一般从违法行为发生之日起计算。若违法行为是连续或继续状态的，则从行为终了之日起算。例如，某企业持续数月偷排污水，那么追溯期限将从其停止偷排污水的日期开始计算。
实际案例说明：
- 一般情况示例：假设某商家在2021年1月1日存在欺诈消费者的行为，但该行为在2023年1月1日之前未被市场监管部门查处。在此情况下，若之后市场监管部门基于其他线索立案调查，并在调查后确认该欺诈行为已超过二年未被发现，则市场监管部门将不再对该商家进行行政处罚。
- 特殊情况示例：再假设某制药企业在2021年1月1日生产并销售了一批不合格药品，导致多名消费者出现健康损害（涉及公民生命健康安全且有危害后果）。该违法行为一直持续到2021年6月1日才停止。在此情况下，若市场监管部门在2026年6月1日之前发现该违法行为，仍可立案调查并在查实后给予相应的行政处罚。
建议：
- 对于当事人而言，应了解并遵守相关法律法规，避免从事违法行为。若因故涉嫌违法，应及时咨询专业律师以了解自身权益和可能的法律后果。
- 对于行政机关而言，应严格遵循法律规定，及时高效地行使职权，确保对违法行为的查处既合法又合理。同时，在立案调查时，应准确计算追溯期限，避免对超过期限的违法行为进行不必要的处罚。
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