核心结论：运输公司司机因事故被公司不让上班，可分情况通过协商、劳动仲裁或诉讼等途径解决，关键在于明确公司不让上班的合法性及自身权益。以下是具体分析：
一、明确公司不让上班的原因及合法性
若因事故被认定全责或存在重大过失
- 公司行为合法性：需查看劳动合同及公司规章制度。若合同或制度明确规定，司机因自身重大过失导致事故，公司可暂停其工作或调整岗位，且该规定不违反法律法规，则公司行为可能合法。但即便如此，公司也应支付基本工资或生活费，不得完全停发工资。
- 司机权益：司机有权要求公司出具书面通知，说明停职原因、期限及工资待遇。若公司拒绝，司机可向劳动监察部门投诉。
若事故非司机全责或公司无合法依据
- 公司行为违法性：若公司仅因事故发生，无合理依据即不让司机上班，属于违法解除或变相解除劳动合同。根据《劳动合同法》，公司需承担违法解除的法律责任，包括支付赔偿金。
- 司机权益：司机可要求公司继续履行合同，恢复工作岗位；或要求公司支付违法解除的赔偿金（通常为2倍经济补偿金）。
二、司机应采取的应对措施
与公司协商
- 步骤：首先尝试与公司沟通，了解停职具体原因，要求公司出具书面说明，并协商解决方案。
- 注意：保留沟通记录（如邮件、短信、录音等），作为后续维权证据。
向劳动监察部门投诉
- 适用情形：若公司拒绝协商或未给出合理答复，司机可向当地劳动监察大队投诉，要求公司纠正违法行为。
- 流程：携带劳动合同、事故认定书、公司通知等材料，填写投诉表，劳动监察部门将介入调查。
申请劳动仲裁
- 适用情形：若投诉未果，或公司明确表示违法解除合同，司机可向劳动仲裁委员会申请仲裁。
- 请求事项：可要求公司继续履行合同、支付拖欠工资、支付赔偿金等。
- 证据准备：劳动合同、工资条、事故认定书、公司通知、沟通记录等。
提起诉讼
- 适用情形：若对仲裁结果不满，司机可向法院提起诉讼，要求公司承担法律责任。
- 注意：诉讼程序较为复杂，建议咨询专业律师后决定是否提起。
三、特殊情形：工伤认定
- 若事故被认定为工伤：根据《工伤保险条例》，司机有权享受工伤待遇，包括医疗费、停工留薪期工资等。公司不得因工伤事故解除或变相解除劳动合同。
- 操作建议：司机应及时向公司或社保部门申请工伤认定，并保留相关医疗证据。
总结：运输公司司机因事故被公司不让上班，需先明确公司行为的合法性，再根据具体情况选择协商、投诉、仲裁或诉讼等途径维权。若涉及工伤，还应及时申请工伤认定。如有疑问，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供详细法律建议。