公司制定扣罚制度确实需要有明确的依据，这主要基于法律、法规的规定以及企业管理合法性的要求。以下是对这一问题的详细解答：
一、法律、法规依据
行政处罚权限制：
- 根据《中华人民共和国行政处罚法》的规定，罚款是行政处罚的一种，只能由具有行政处罚权的行政机关在法定职权范围内实施。普通用人单位，除非被具有行政处罚权的行政机关委托，否则不具有罚款权。
劳动合同法规定：
- 《劳动合同法》强调，用人单位在制定或修改涉及劳动者切身利益的规章制度时，如劳动报酬、劳动纪律等，应当经过职代会或全体职工讨论，提出方案和意见，并与工会或职工代表平等协商确定。如果规章制度未履行这些程序，则对员工的违纪罚款制度可能是无效的。
二、扣罚制度的合法性要求
程序合法性：
- 扣罚制度的制定必须遵循法定程序，包括与职工代表或全体职工的协商、讨论，确保制度的民主性和透明度。
内容合理性：
- 扣罚制度的内容应当合理，不得随意给予顶格罚款或高额罚款，不得随意降低对违法行为的认定门槛或扩大违法行为的范围。罚款的数额应当与违法行为的性质、情节以及社会危害程度相适应。
目的正当性：
- 扣罚制度的目的是为了维护企业的正常秩序和员工的合法权益，而不是为了增加企业收入或惩罚员工。因此，制度的设计应当注重教育、引导和纠正，而非单纯的惩罚。
三、扣罚制度的实践建议
替代管理手段：
- 企业应当综合运用各种管理手段，如教育劝导、责令改正、信息披露等，来管理员工的行为。在能够通过这些方式管理的情况下，一般不设定罚款。
明确扣罚标准：
- 如果确实需要设定罚款，企业应当明确扣罚的标准和程序，确保罚款的公正性和合理性。同时，罚款的数额应当符合法律、法规的规定，不得超过法定限额。
加强监督与反馈：
- 企业应当加强对扣罚制度的监督和反馈机制，确保制度的执行效果。如果发现制度存在问题或不合理之处，应当及时进行调整和完善。
四、案例分析
以迟到早退为例，如果用人单位对员工进行罚款，这通常是不合法的。因为迟到早退虽然违反了企业的规章制度，但并不属于行政处罚的范畴。企业应当通过其他方式，如扣减绩效奖金、进行口头警告或书面警告等，来管理员工的行为。
总结：公司制定扣罚制度必须有明确的依据，包括法律、法规的规定以及企业管理合法性的要求。在制定扣罚制度时，企业应当遵循法定程序、确保内容合理、目的正当，并综合运用各种管理手段来管理员工的行为。同时，企业应当加强对扣罚制度的监督和反馈机制，确保制度的执行效果。