结论：公司因员工违反公司制度而扣工资，其合法性需根据具体情况判断，关键在于公司制度的合法合理性、员工行为是否违规以及扣工资是否符合法律规定。以下从多个角度进行详细分析：
一、公司制度的合法合理性
内容合法：
- 公司规章制度的内容必须严格遵守国家法律法规，不得与现行法律相抵触。例如，依据《中华人民共和国劳动法》及《工资支付暂行规定》，工资应按月以货币形式支付给劳动者，无故克扣或拖欠工资是违法的。因此，公司制度中关于扣工资的规定必须合法，不得随意设定扣罚标准，如迟到一次扣当月工资的一半等不合理且违法的条款。
制定程序合法：
- 公司制定涉及员工切身利益的规章制度时，应经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。同时，这些规章制度需向员工公示或告知，以确保其知晓并遵守。未经法定程序制定的规章制度，对员工不具有法律约束力，公司依据这样的制度扣减员工工资是不合法的。
合理限度：
- 扣工资的规定应公平合理，不得显失公正。例如，对于轻微违规行为如迟到几分钟，就扣除当月大部分工资的做法，显然不合理且法院通常不予支持。
二、员工行为是否构成违规
- 公司必须有充分证据证明员工确实违反了制度中明确规定的扣工资情形。这包括但不限于考勤记录、监控录像、书面违规报告、员工承认记录等直接证据。若无法提供确凿证据，随意扣工资将构成违法行为。
三、扣工资的特定情况与法律限制
经济损失赔偿：
- 若员工违规行为给公司造成经济损失，公司可根据相关制度和法律法规进行经济处罚，但扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。同时，公司需证明违规行为与经济损失之间的直接因果关系。例如，员工因疏忽导致公司财产损失，公司可依据规定从员工工资中扣除相应赔偿，但需确保扣除比例和剩余工资符合法律规定。
代扣代缴费用：
- 公司依法代扣代缴个人所得税、社保等费用是合法的，这不属于克扣工资范畴。例如，公司每月从员工工资中代扣个人所得税和社保个人部分，这是基于法律义务的履行，是合法的。
四、员工权益保护途径
若公司扣工资行为不符合上述条件或存在违法情形，员工可通过以下途径维护自身权益：
协商解决：
- 首先尝试与公司进行沟通协商，要求说明扣工资的依据并纠正不合理行为。例如，员工可与公司人力资源部门或上级领导沟通，了解扣工资的具体原因，并争取恢复正常的工资待遇。
劳动监察投诉：
- 若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令公司改正违法行为。例如，员工可向当地劳动监察大队提交投诉材料，包括扣工资的证据、公司规章制度等，请求劳动监察部门介入调查并处理。
劳动仲裁与诉讼：
- 若问题仍未解决，员工可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁结果不服的，还可向人民法院提起诉讼以维护自身合法权益。例如，员工可准备相关证据材料，向劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，要求公司支付被扣的工资及相应的赔偿；若对仲裁裁决不服，可在法定期限内向人民法院提起诉讼。
总结与建议：公司在扣除员工工资时必须确保制度的合法合理性、员工行为的违规性以及扣工资行为的法律合规性。员工也应了解自身权益保护途径，以便在必要时采取相应措施维护自身合法权益。若您在公司扣工资方面遇到任何问题或疑虑，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议和帮助。