关于基层医疗机构是否可以聘请编外有正式合同制员工担任办公室主任的问题，这主要取决于当地的具体政策和管理规定。以下是我根据现有信息给出的详细解答：
首先，从您提供的《关于实施基层卫生健康人才“县管镇聘村用”工作的通知》这一政策文件中，我们可以看到，该政策主要关注的是基层卫生健康人才的招聘、服务期限、待遇以及招聘程序等方面，它并没有直接涉及到基层医疗机构是否可以聘请编外有正式合同制员工担任办公室主任的具体规定。
其次，我们注意到《清远市清城区基层医疗卫生机构编外人员管理办法(征求意见稿)》这一文件，虽然它目前还处于征求意见阶段，并未正式实施，但它为我们提供了一个参考方向。该文件旨在完善基层医疗卫生机构编外人员的管理，提高工作效能。如果这一文件最终得以实施，并且其中包含了关于编外人员担任管理职务（如办公室主任）的相关规定，那么基层医疗机构在聘请编外有正式合同制员工担任办公室主任时，就需要遵循这些规定。
然而，在缺乏具体政策文件明确规定的情况下，基层医疗机构是否可以聘请编外有正式合同制员工担任办公室主任，通常取决于以下几个因素：
当地政策：不同地区可能有不同的政策规定，有些地区可能允许基层医疗机构根据实际需要聘请编外人员担任管理职务，而有些地区则可能对此有所限制。
机构需求：基层医疗机构在考虑聘请编外人员担任办公室主任时，需要评估自身的实际需求，包括工作量、人员结构、经费预算等因素。
人员资质：即使政策允许聘请编外人员担任管理职务，基层医疗机构也需要确保所聘请的人员具备相应的资质和能力，能够胜任办公室主任的工作。
合同管理：如果决定聘请编外人员担任办公室主任，基层医疗机构需要与其签订正式的劳动合同，明确双方的权利和义务，包括工作职责、薪酬待遇、合同期限等。
综上所述，基层医疗机构是否可以聘请编外有正式合同制员工担任办公室主任，并没有一个统一的答案。它取决于当地的具体政策、机构的实际需求、人员的资质以及合同管理等多个因素。因此，我建议您在做出决定前，先咨询当地卫生健康部门或相关政策制定机构，了解具体的政策规定和操作流程。同时，也可以参考其他地区的类似做法和经验，以便做出更加明智和合理的决策。