结论前置：长期事假公司扣发上月工资，在一般情况下是不合法的。除非因员工请假导致工作未完成或给单位造成损失，且按照合法有效的规章制度进行扣减，否则用人单位无权扣发员工上月工资。以下从多个角度进行分析：
一、工资支付原则与法律依据
根据《工资支付暂行规定》，工资应当以法定货币支付，并必须在用人单位与劳动者约定的日期支付，确保工资的及时性和对应性原则。这意味着，上月工资对应的是劳动者上月提供的劳动，用人单位应按照约定的时间和金额支付，不应因员工本月请假而扣发上月工资。这是工资支付的基本原则，也是保护劳动者权益的重要法律基础。
二、请假扣薪的合法情形与计算方式
事假：员工请事假时，用人单位可以不支付其事假期间的工资。但这里的“不支付”仅限于事假期间的工资，不应涉及上月工资的扣发。具体计算方式为：日工资=月工资收入÷月计薪天数（21.75天），然后乘以事假天数得出应扣减的工资数额（仅针对事假期间）。
病假：职工患病或非因工负伤治疗期间，企业应按有关规定支付其病假工资或疾病救济费，该费用可以低于当地最低工资标准，但不能低于最低工资标准的80%。同样，这也不涉及上月工资的扣发。
特殊情况：如果因员工请假导致工作未完成或给单位造成损失，且用人单位有合法有效的规章制度作为依据，可以按照规章制度扣减员工工资。但扣减必须合理，不能违反法律法规的强制性规定，且不应涉及上月工资的扣发。
三、劳动合同中的特殊约定
虽然一般不允许扣发上月工资，但如果用人单位与劳动者在劳动合同中有明确且合法的约定，如关于请假扣薪的具体条款，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么按照约定执行可能是合法的。然而，这种情况较为少见，且需符合公平、合理的原则。在实际操作中，用人单位往往难以证明扣发上月工资的合理性，因此这种约定也往往难以得到法律的支持。
四、法律救济途径与维权建议
如果用人单位无故扣发上月工资，劳动者可以采取以下措施维护自己的合法权益：
与用人单位协商：首先尝试与用人单位进行沟通，要求其支付被扣发的工资。这是最直接、最快捷的解决方式。
向劳动监察部门投诉：如果协商不成，可以向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令用人单位限期支付工资。劳动监察部门具有行政执法权，能够有效地维护劳动者的权益。
申请劳动仲裁：若投诉无果，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律程序解决纠纷。劳动仲裁是解决劳动争议的重要途径，其裁决具有法律效力。
提起诉讼：对仲裁结果不服的，劳动者还可以向人民法院提起诉讼，进一步维护自己的合法权益。诉讼是最终的解决方式，能够确保劳动者的权益得到最大程度的保护。
综上所述，长期事假公司扣发上月工资的行为在大多数情况下是不合法的。劳动者应了解自己的权益，并在遇到类似情况时采取适当的措施进行维权。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。