核心结论：针对您店铺签了一年合同，干了三个月亏钱，合同约定违约金两万的情况，您可以考虑从以下角度处理：一是尝试与对方协商降低违约金；二是审查合同条款及自身情况，判断是否符合法定减免违约金条件；三是若协商不成且不符合法定减免条件，需评估违约成本与继续履行的利弊后做决策。以下为详细分析：

1. 协商降低违约金

   • 法律依据与合理性：根据《中华人民共和国民法典》相关规定，当事人可以协商一致变更合同内容。虽然合同已约定违约金为两万，但在实际履行过程中，若因经营亏损等客观原因导致您无法继续履行合同，您可以主动与合同相对方（如房东、供应商等）进行沟通协商。
   • 协商要点：在协商时，您需要向对方如实说明店铺目前的经营状况和亏损情况，强调继续履行合同对您造成的经济压力，以及支付高额违约金可能给您带来的更大损失。同时，您可以提出一个相对合理的违约金数额，如根据实际损失、剩余租期等因素进行折算，争取对方的理解和同意。

2. 审查合同条款及自身情况，判断是否符合法定减免违约金条件

   • 不可抗力因素：如果店铺亏损是由于不可抗力因素导致的，如自然灾害、政府政策调整等，且这些因素是您在签订合同时无法预见、无法避免且无法克服的，那么根据法律规定，您可以部分或全部免除违约责任。但您需要提供充分的证据证明亏损与不可抗力因素之间存在直接的因果关系。
   • 对方违约在先：如果合同相对方在合同履行过程中存在违约行为，如未按照合同约定提供必要的支持、服务或条件等，且这些违约行为对您的店铺经营造成了影响，导致您亏损并无法继续履行合同，那么您可以主张对方违约在先，要求减免违约金或承担相应的赔偿责任。
   • 违约金过高：根据法律规定，约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。如果您认为两万的违约金明显高于您违约给对方造成的实际损失，您可以向法院或仲裁机构提出申请，要求调整违约金数额。在申请时，您需要提供相关证据证明对方的实际损失情况。

3. 若协商不成且不符合法定减免条件，需评估违约成本与继续履行的利弊后做决策

   • 违约成本评估：如果您无法与对方协商降低违约金，且不符合法定减免违约金的条件，那么您需要评估支付两万违约金对您造成的经济影响。如果违约金数额在您可承受范围内，且继续履行合同将给您带来更大的损失，那么您可以选择支付违约金并解除合同。
   • 继续履行合同考量：另一方面，您也需要考虑继续履行合同的可能性和收益。如果店铺亏损只是暂时的，且通过调整经营策略、降低成本等方式有望改善经营状况并实现盈利，那么继续履行合同可能是一个更优的选择。此时，您可以与对方协商延长租期、调整租金等条款，以减轻经济压力。