将高标准农田机井用于饮水是否违法需分情况讨论，关键在于是否符合相关法律规定及审批程序，具体如下：

1. 若未经审批擅自改变用途，可能违法
   高标准农田机井的建设目的通常是服务于农业生产灌溉，其规划、建设及使用需遵循《中华人民共和国土地管理法》《农田水利条例》等法律法规。若未经自然资源、水利等部门审批，擅自将机井用于居民饮水，可能涉及以下法律风险：

   • 违反用途管制：根据《土地管理法》，土地用途需严格按规划使用，擅自改变可能面临行政处罚（如责令恢复原状、罚款）；
     
   • 水资源管理违规：若机井取水未办理取水许可证（依据《水法》），或未缴纳水资源费，可能被责令停止违法行为并处罚款；
     
   • 影响农业用水安全：若饮水使用导致机井水位下降、水质污染，可能损害其他农户灌溉权益，引发民事纠纷。

2. 若依法办理审批手续，可合法使用
   若因特殊需求（如农村饮水安全工程）需将机井用于饮水，可通过以下程序合法化：

   • 申请取水许可：向当地水利部门提交取水申请，说明用途、水量、水质保障措施等，经批准后取得取水许可证；
     
   • 变更土地用途（如需）：若机井占用农用地，需依法办理农用地转用审批手续；
     
   • 确保水质安全：需符合《生活饮用水卫生标准》，定期检测水质，避免因水质不达标引发健康风险。

建议：若您有将高标准农田机井用于饮水的需求，建议先向当地水利、自然资源部门咨询具体政策，依法办理审批手续，避免法律风险。如有进一步疑问，可直接向我提问，我会结合具体案例为您详细分析。