将灌溉机井用作商业用水是否违法，需分情况讨论，主要取决于机井的所有权、使用权以及具体用途是否符合相关法律法规的规定。以下是对此问题的详细分析：
一、机井所有权与使用权
集体所有：
- 如果灌溉机井属于农村集体所有，那么其使用和管理需遵循集体经济组织的规定。在这种情况下，未经集体经济组织同意，擅自将灌溉机井用于商业用水，可能构成对集体财产的侵占或滥用，从而违反相关法律法规。
个人或企业所有：
- 如果灌溉机井属于个人或企业所有，且该机井原本就用于灌溉等农业用途，那么将其改为商业用水可能涉及改变土地用途或水资源使用性质的问题。这需要根据当地的水资源管理法规和土地管理法规来判断是否合法。
二、水资源使用规定
农业用水与商业用水的区别：
- 农业用水通常享有优先权，且可能受到政府的补贴或优惠。而商业用水则可能需要支付更高的水费，并遵守更严格的水资源管理规定。因此，将灌溉机井从农业用水改为商业用水，可能涉及水资源使用性质的变更，需要办理相关手续并获得批准。
水资源管理法规：
- 根据《中华人民共和国水法》等相关法律法规，水资源属于国家所有，任何单位和个人不得擅自改变其用途。如果要将灌溉机井用于商业用水，必须确保符合当地水资源管理法规的规定，包括办理取水许可证、缴纳水资源费等。
三、可能的法律后果
行政处罚：
- 如果未经批准擅自将灌溉机井用于商业用水，可能面临行政处罚，包括罚款、没收违法所得、责令停止违法行为等。
民事纠纷：
- 如果因擅自改变机井用途导致与其他用户或集体经济组织发生纠纷，可能引发民事诉讼，需要承担相应的民事责任。
刑事责任：
- 在极端情况下，如果擅自改变机井用途的行为构成犯罪（如非法采矿罪等，尽管这通常与矿产资源相关，但类似原理可能适用于严重的水资源违法行为），则可能面临刑事责任。不过，这种情况较为罕见，且需要具体情节符合犯罪构成要件。
四、建议与合法途径
咨询当地政府部门：
- 在考虑将灌溉机井用于商业用水之前，建议先咨询当地的水资源管理部门或农业部门，了解相关法律法规和政策要求。
办理相关手续：
- 如果符合当地水资源管理法规的规定，且获得相关部门的批准，可以办理取水许可证等手续，合法地将灌溉机井用于商业用水。
遵守合同约定：
- 如果机井是通过租赁、承包等方式从他人或集体经济组织处获得的，需确保合同中明确约定了机井的用途和变更用途的条件。在未经对方同意的情况下，不得擅自改变机井用途。
综上所述，将灌溉机井用作商业用水是否违法取决于多种因素。为了确保合法合规，建议在进行此类操作前充分了解相关法律法规和政策要求，并咨询当地政府部门或专业律师的意见。如果你有具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。