农村灌溉机井卖水是否违法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下是从不同角度进行的分析：
一、土地性质与用途
基本农田：如果机井位于基本农田上，且未经批准擅自打井并卖水，这很可能被视为违法行为。因为基本农田是严格受法律保护的，不能随意改变其用途，包括打井取水用于非农业用途。
一般耕地或其他类型土地：对于这类土地，如果打井并卖水的行为符合当地的相关规定和要求，如取得了水行政主管部门的许可，且未对土地造成破坏或影响农业生产的，那么这种行为可能是合法的。
二、合法审批与程序
无需取水许可情形：根据《取水许可和水资源费征收管理条例》，农村集体经济组织及其成员使用本集体经济组织的水塘、水库中的水，或家庭生活和零星散养、圈养畜禽饮用等少量取水，通常不需要申请领取取水许可证。但这种情况主要适用于自用，而非商业售卖。
依法经过审批：如果打算将机井的水用于商业售卖，即使是为了农业灌溉的机井，也需要向相关部门（如水利部门）提出申请，并经过审批获得许可后再进行。未经审批擅自售卖，将构成违法行为。
三、水资源保护规定
超采地下水：在地下水超采区，为了保护地下水资源和生态环境，严格限制新增取用地下水。在这些区域，即使是为了农业灌溉的机井，如果擅自售卖水，也可能因进一步加剧地下水水位下降、地面沉降等问题而被视为违法。
污染地下水：在打井和售卖水的过程中，必须采取有效的防护措施，防止农田中的农药、化肥等污染物通过井体渗入地下，污染地下水环境。否则，将违反相关环境保护法律法规。
四、周边环境及他人权益
售卖水的行为不得危害公共安全或侵犯他人的合法权益。例如，售卖水导致周边土地塌陷、水源被破坏或影响他人正常用水等，都可能构成违法行为。
建议与指导
咨询当地部门：在决定售卖机井水之前，务必咨询当地的自然资源主管部门或水行政主管部门，了解具体的法律法规和政策要求。
确保合法合规：确保自己的行为合法合规，包括取得必要的审批许可、遵守水资源保护规定、不侵犯他人权益等。
注重环境保护：在售卖水的过程中，应注重水资源保护和生态环境保护，确保不会对周边环境造成不良影响。
总结来说，农村灌溉机井卖水是否违法，取决于土地性质、是否经过合法审批、是否遵守水资源保护规定以及是否对周边环境及他人权益造成影响等多个因素。因此，在做出决定之前，请务必进行充分的了解和咨询，以确保自己的行为合法合规。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。