农业用水打井是否违法，需根据具体情况判断，主要取决于是否依法办理了相关审批手续、取水来源和用途是否合法，以及是否对生态环境和他人权益造成损害。以下从不同角度为您详细分析：
一、合法打井的情况
符合特定免许可情形：
- 根据《取水许可和水资源费征收管理条例》第四条，农村集体经济组织及其成员使用本集体经济组织的水塘、水库中的水进行农田灌溉，通常不需要申请领取取水许可证。例如，农民在自家承包地内，经村委会同意后打井，且所取水源属于集体经济组织所有，用于农业生产，即属于此范畴。
- 家庭生活和零星散养、圈养畜禽饮用等少量取水，也无需申请取水许可证。但少量取水的限额，需由省、自治区、直辖市人民政府规定。
依法经过审批：
- 若打井行为涉及地下水资源的开采，且不符合上述免许可情形，则需依法向水利部门提出申请，提交包括打井地点、井深、取水量预测等详细资料，并经过审批获得许可后再打井。遵循一定的技术标准和规范，办理了必要的手续后，打井即为合法合规的行为。
二、可能违法的情况
未经批准擅自打井：
- 若打井行为涉及地下水资源的开采，且未依照相关法律法规进行申请和审批（除符合免许可情形外），则构成违法行为。此时，无论取水用途如何，都需依法办理取水许可手续。
破坏生态环境：
- 在生态脆弱地区，如地下水超采区、水源涵养地等，政府有严格的水资源保护政策。在这些区域违规打井，导致地下水位下降、生态平衡破坏等环境问题，同样属于违法行为。
影响他人权益：
- 打井过程中若因选址不当等原因，对相邻土地的使用人或其他村民的合法权益造成侵害，如导致相邻土地塌陷、影响他人原有水源等，这种行为可能构成民事侵权，并可能违反相关法律法规。
三、违法后果
对于上述违法行为，县级以上人民政府水行政主管部门或流域管理机构将依据职权采取以下措施：
- 责令停止违法行为，限期采取补救措施；
- 处以二万元以上十万元以下的罚款；
- 情节严重的，还可能被吊销取水许可证。
四、建议与指导
为避免触犯法律并承担相应的法律责任，建议在进行农业用水打井前，务必注意以下几点：
- 了解法律法规：先向当地水行政主管部门了解相关法律法规和政策要求，确保打井行为符合规定。
- 依法办理手续：如需开采地下水资源，应依法申请领取取水许可证，并缴纳水资源费（部分地区对农业用水有优惠或减免政策）。
- 保护生态环境：合理开发和保护水资源，避免过度开采造成生态环境破坏。特别是在生态脆弱地区，要严格遵守政府的水资源保护政策。
- 尊重他人权益：在打井过程中，应注意选址合理，避免对相邻土地的使用人或其他村民的合法权益造成侵害。
总之，农业用水打井是否违法需综合考虑多个因素。为确保行为的合法性，建议您在打井前充分了解相关法律法规和政策要求，并依法办理相关手续。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。