占用农田打水井是否违法，需根据具体情况来判断，主要涉及土地性质、是否经过合法审批、是否遵守水资源保护规定以及是否对周边环境及他人权益造成影响等多个因素。以下是对这些因素的详细分析：
土地性质与用途：
- 基本农田：基本农田是严格受法律保护的，不能随意改变其用途。未经批准在基本农田里打井，很可能会被认定为违法行为。因为基本农田主要用于粮食生产，打井可能会破坏其耕作层，影响粮食产量。
- 一般耕地或其他类型土地：对于这类土地，若符合当地的相关规定和要求，如取得水行政主管部门的许可等，打灌溉井可能是合法的。但需注意，即使是一般耕地，也不能随意改变其农业用途，必须遵循相关法律法规。
合法审批与程序：
- 无需取水许可情形：根据《取水许可和水资源费征收管理条例》，农村集体经济组织及其成员使用本集体经济组织的水塘、水库中的水，或家庭生活和零星散养、圈养畜禽饮用等少量取水，通常不需要申请领取取水许可证。在这种情况下，农民为自家农田灌溉在合理范围内打井取水一般不违法。但需注意，这里的“少量取水”有具体限额，由省、自治区、直辖市人民政府规定。
- 依法经过审批：在部分地区，即使是为了农业灌溉，也需要向相关部门（如水利部门）提出申请，并经过审批获得许可后再打井。遵循一定的技术标准和规范，办理了必要的手续后，打灌溉井即为合法合规的行为。未经审批擅自打井，即使是为了农业灌溉，也可能构成违法行为。
水资源保护规定：
- 超采地下水：在地下水超采区，为了保护地下水资源和生态环境，严格限制新增取用地下水。在这些区域打灌溉井，即使是用于农业灌溉，也可能因进一步加剧地下水水位下降、地面沉降等问题而被视为违法。
- 污染地下水：打井过程中必须采取有效的防护措施，防止农田中的农药、化肥等污染物通过井体渗入地下，污染地下水环境。否则，将违反相关环境保护法律法规，可能面临行政处罚甚至刑事责任。
周边环境及他人权益：
- 打井行为不得危害公共安全或侵犯他人的合法权益。例如，打井导致周边土地塌陷、水源被破坏或影响他人正常用水等，都可能构成违法行为。在打井前，应充分考虑对周边环境及他人权益的影响，避免引发纠纷。
建议与指导：
- 在决定打灌溉井之前，务必咨询当地的自然资源主管部门或水行政主管部门，了解具体的法律法规和政策要求。确保自己的行为合法合规，避免不必要的法律风险和经济损失。
- 如果需要打井，应依法办理相关审批手续，并遵循一定的技术标准和规范。在打井过程中，应采取有效的防护措施，防止对地下水和周边环境造成污染。
- 同时，也应注重水资源保护和生态环境保护，确保打井行为不会对周边环境造成不良影响。如果因打井行为引发纠纷或违法行为，应及时寻求法律帮助，维护自己的合法权益。
总之，占用农田打水井是否违法需综合考虑多个因素。在做出决定前，务必充分了解相关法律法规和政策要求，并依法办理相关手续。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。