结论：霸占村里水井是否违法需结合水井性质、用途及行为方式综合判断，可能涉及民事侵权、行政违法甚至刑事犯罪。以下从不同法律角度展开分析：

一、若水井属村集体所有或村民共有，霸占行为可能构成民事侵权

根据《民法典》第240条，所有权人对自己的不动产或动产依法享有占有、使用、收益和处分的权利。若水井由村集体出资修建或村民共同出资、出力形成（如历史遗留的公共水井），其所有权归村集体或全体村民共有。此时：

• 未经许可独占使用：若个人以锁井、堆放杂物等方式阻止他人使用，侵犯了村集体或其他村民的共有权，受害方可依据《民法典》第236条要求排除妨碍、恢复原状，或主张赔偿损失。
• 破坏水井结构：如砸毁井壁、污染水源等行为，可能同时构成对共有物的损害，需承担修复费用或赔偿损失。

案例参考：某村村民甲私自将公共水井加盖并上锁，导致其他村民无法取水。法院审理后认定甲的行为侵犯共有权，判决其拆除锁具并赔偿其他村民因取水不便产生的额外费用。

二、若水井涉及地下水开采，无证取水或破坏耕地可能面临行政处罚

根据《水法》第48条，直接从江河、湖泊或地下取水的单位和个人，应当申请取水许可（家庭生活和零星散养畜禽饮用等年取水量＜2000立方米的除外）。若霸占水井的行为涉及：

• 无证取水：未取得《取水许可证》擅自打井取水，水务部门可依据《水法》第69条责令停止违法行为，限期采取补救措施，处2万-10万元罚款；情节严重的，吊销取水许可证。
• 破坏耕地：若打井导致耕地硬化、无法耕种，违反《土地管理法》第37条，自然资源部门可责令限期改正或治理，并可处罚款（如耕地开垦费的1-2倍）。

行政案例：天水市麦积区两村民私自打井取水，虽年取水量＜2000立方米属家庭备用井，但因未办理手续且破坏耕地，仍被要求停止作业、恢复耕地并封闭水井。

三、若霸占行为伴随暴力、威胁或大规模破坏，可能构成刑事犯罪

1. 非法采矿罪：根据《刑法》第343条，若水井属于矿产资源（如深层地下水），未经许可擅自开采且情节严重（如开采量达一定标准、造成资源破坏），可能处3年以下有期徒刑、拘役或管制，并处或单处罚金。
2. 破坏生产经营罪：若霸占水井导致村民无法灌溉、养殖，造成重大经济损失（如农作物绝收），可能依据《刑法》第276条处3年以下有期徒刑、拘役或管制。
3. 寻衅滋事罪：若以暴力、威胁手段强行霸占水井，扰乱社会秩序，可能依据《刑法》第293条处5年以下有期徒刑、拘役或管制。

刑事案例：某地三村民非法盗采地下水，无证打井2口并违法施工第三口井，致10㎡耕地硬化损毁，被以非法采矿罪移送司法机关追究刑事责任。

四、特殊情形：家庭生活用水小电井可能不违法

根据《取水许可和水资源费征收管理条例》及地方规定，家庭生活和零星散养畜禽饮用等年取水量＜2000立方米的小电井，无需申请取水许可。若霸占的水井属于此类情形，且未破坏耕地或影响他人用水，可能不构成违法。但需注意：

• 不得扩大取水量或改变用途（如转为商业用水）；
• 不得破坏水井结构或污染水源；
• 需接受水务部门监管。

法律建议

1. 确认水井性质：通过村集体、水务部门或查阅历史资料，明确水井所有权及用途。
2. 协商解决：优先与霸占者沟通，或通过村委会调解，要求其停止侵权行为。
3. 行政投诉：若涉及无证取水、破坏耕地，向当地水务局、自然资源局举报。
4. 民事诉讼：若协商、投诉无果，可向法院起诉要求排除妨碍、赔偿损失。
5. 刑事报案：若存在暴力、威胁或大规模破坏，立即向公安机关报案。

提示：农村水井问题常涉及多重法律关系，建议根据具体情况选择维权路径。如有疑问，可直接向我咨询，我将结合证据材料提供详细方案。