建设用地批复两年后收回是否合法，需根据具体情况判断，主要涉及批复文件的有效期、是否符合法定收回条件及程序等因素。以下从不同角度进行分析：

1. 批复文件的有效期

• 一般规定：建设用地批复文件通常会有明确的有效期，若批复文件中明确规定“自批准之日起两年内未使用则自动失效”，那么两年后未使用的，该批复文件即失去法律效力，此时收回土地在程序上可能并无不当，但需注意收回程序是否合法。
• 无明确规定：若批复文件中未明确规定有效期，则需依据相关法律法规判断。根据《中华人民共和国土地管理法》及相关规定，批准用地后，若土地使用者未在规定期限内动工开发，且符合闲置土地认定条件的，政府有权依法收回土地使用权。这里的“规定期限”通常指土地出让合同或批复文件中约定的动工开发期限，若无约定，则可能依据地方性法规或规章确定。

2. 法定收回条件

• 闲置土地认定：根据《闲置土地处置办法》，未动工开发满一年的，由市、县国土资源主管部门报经本级人民政府批准后，向国有建设用地使用权人下达《征缴土地闲置费决定书》，按照土地出让或者划拨价款的百分之二十征缴土地闲置费；未动工开发满两年的，由市、县国土资源主管部门按照《中华人民共和国土地管理法》第三十七条和《中华人民共和国城市房地产管理法》第二十六条的规定，报经有批准权的人民政府批准后，向国有建设用地使用权人下达《收回国有建设用地使用权决定书》，无偿收回国有建设用地使用权。
• 其他法定情形：除闲置土地外，若土地使用者存在违反土地出让合同或法律法规规定的行为，如擅自改变土地用途、未按照约定投资强度开发等，政府也有权依法收回土地使用权。

3. 收回程序合法性

• 通知与听证：政府在决定收回土地使用权前，应依法通知土地使用者，并告知其享有陈述、申辩和申请听证的权利。若土地使用者要求听证，政府应组织听证。
• 决定与送达：政府作出收回决定后，应依法送达土地使用者，并告知其救济途径和期限。
• 注销登记：土地使用权被收回后，政府应依法办理土地使用权注销登记手续。

4. 特殊情况处理

• 因政府原因导致闲置：若土地闲置系因政府原因造成，如未按时提供土地、规划调整等，政府在收回土地时应给予土地使用者相应补偿。
• 不可抗力或政府、政府有关部门的行为：根据《闲置土地处置办法》第八条，因不可抗力或者政府、政府有关部门的行为或者动工开发必需的前期工作造成动工开发迟延的，土地使用者可以申请延期开发、签订补充协议、重新约定动工开发、竣工时间和违约责任，或者申请返还定金等。

法律建议

• 核查批复文件：首先核查建设用地批复文件是否明确规定了有效期及动工开发期限。
• 评估土地使用情况：评估土地是否已按约定动工开发，若未开发，是否构成闲置土地及闲置原因。
• 审查收回程序：若政府已决定收回土地，应审查收回程序是否合法，包括是否履行了通知、听证、决定送达等程序。
• 寻求法律救济：若认为政府收回土地的行为违法或侵犯自身权益，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。

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