核心结论：员工私自删除当天考勤记录属于违反公司规章制度的行为，公司可根据情节轻重采取相应处理措施，但需确保处理程序合法合规，避免侵犯员工合法权益。以下从法律和实务角度展开分析：

1. 公司规章制度依据

• 若公司《员工手册》或《考勤管理制度》明确规定“禁止篡改、删除考勤记录，违者视情节给予警告、扣薪或解除劳动合同等处罚”，则公司可依据制度处理。
• 关键点：制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论）并公示或告知员工，否则可能因“未依法制定”被认定无效。

2. 处理措施的合法性边界

• 轻微情节（如首次无意删除）：可口头警告、要求补签考勤或书面检讨，避免过度处罚。
• 严重情节（如故意删除以掩盖迟到、旷工）：
  • 扣薪：需符合当地最低工资标准，且扣除部分不得超过当月工资的20%（依据《工资支付暂行规定》）。
  • 解除劳动合同：需满足“严重违反规章制度”条件，且公司需举证员工行为主观恶意及造成实际损失（如影响工资计算、考勤统计错误等）。

3. 实务操作建议

• 调查取证：
  • 立即固定证据（如考勤系统后台日志、监控录像、同事证言），证明员工删除行为及主观故意。
  • 要求员工书面说明情况，避免单方面认定。
• 处理程序：
  • 依据制度流程，经工会或职工代表协商后作出决定。
  • 书面通知员工处理结果，并告知申诉途径。
• 避免风险：
  • 不得因员工删除考勤记录而直接认定其“旷工”，需结合其他证据（如工作记录、客户沟通记录）综合判断。
  • 避免公开批评或侮辱性处罚，防止侵犯员工名誉权。

4. 员工维权风险提示

• 若公司处罚缺乏依据或程序违法，员工可能通过劳动仲裁主张：
  • 恢复劳动关系（如被违法解除）；
  • 补发工资（如被非法扣薪）；
  • 赔偿金（如公司未支付经济补偿）。

总结：公司应优先通过完善制度、加强考勤技术管理（如权限分级、操作留痕）预防此类行为；处理时需平衡管理权与员工权益，确保程序正当、证据充分。如有具体案例或地方政策疑问，可进一步向我咨询。