针对您提出的“员工做小三公司能怎么处理”这一问题，首先需要明确的是，员工在私人生活中的行为，尤其是涉及婚外情、出轨等道德层面的问题，并不直接属于公司管理的法定范畴。以下是我为您提供的详细解答：
一、公司管理的法律边界
根据《劳动合同法》等相关法律法规，公司解除劳动合同必须基于合法的理由，如员工严重违反公司规章制度、严重失职或营私舞弊给公司造成重大损害等。而婚外情、出轨等私人行为，并不直接构成公司解除劳动合同的合法依据。因此，公司不能仅凭员工有婚外情或出轨行为就单方面解除劳动合同。
二、公司管理的道德考量与实际操作难题
道德考量：
- 虽然婚外情、出轨等行为违背了社会公序良俗，但公司作为经济组织，其主要职责是合法经营和科学管理，而非对员工私人生活进行道德审判。
- 公司若试图通过规章制度来禁止员工的此类行为，可能会侵犯员工的隐私权，破坏员工对公司的信任度，甚至引发法律纠纷。
实际操作难题：
- 如何界定“婚外情”或“出轨”？这往往涉及员工的私人生活，公司难以进行客观、公正的调查。
- 即使公司能够证明员工有此类行为，如何采取合适的处罚措施也是一个难题。过于严厉的处罚可能引发员工的不满和反抗，甚至导致法律诉讼。
三、公司应采取的合理措施
倡导健康的企业文化：
- 公司可以通过培训、宣传等方式，倡导员工树立正确的价值观和道德观，鼓励员工保持家庭和谐、稳定工作。
- 通过组织团队建设活动、提供心理咨询等方式，帮助员工缓解工作压力，增强团队凝聚力，从而减少因私人问题影响工作的可能性。
完善公司规章制度：
- 公司可以在规章制度中明确禁止性骚扰等职场不当行为，并规定相应的处罚措施。但需要注意的是，这些规定必须合法、合理，且不得侵犯员工的合法权益。
- 对于涉及员工私人生活的行为，公司应保持谨慎态度，避免过度干预。
依法处理违法行为：
- 如果员工的婚外情或出轨行为涉及违法犯罪（如重婚罪等），公司应及时向公安机关报案，并配合相关部门进行调查处理。
- 在处理此类事件时，公司应确保员工的合法权益得到保障，避免因处理不当而引发法律纠纷。
四、案例参考与启示
- 参考之前提到的职场性骚扰案例，我们可以看到，当员工的行为严重违反公司规章制度或法律法规时，公司有权依法解除劳动合同。但这一权利的行使必须基于合法、合理的依据，且不得侵犯员工的合法权益。
- 对于员工私人生活中的道德问题，公司应更多地通过倡导健康的企业文化、提供心理支持等方式来引导员工树立正确的价值观，而非直接进行处罚或干预。
综上所述，公司不能仅凭员工有婚外情或出轨行为就单方面解除劳动合同。公司应更多地从倡导健康的企业文化、完善规章制度、依法处理违法行为等方面入手，来维护公司的正常运营和员工的合法权益。