并非只要与出勤相关的津贴，在请有薪假时都会被扣除。具体是否扣除，需根据津贴的性质、公司的规章制度以及相关法律法规来综合判断。以下从几个角度进行分析：

1. 津贴性质：

   • 固定津贴：如交通补贴、通讯补贴等，这些津贴通常与员工的出勤无直接关联，而是作为员工薪酬的一部分固定发放。因此，在请有薪假时，这些津贴一般不会被扣除。
   • 与出勤直接相关的津贴：如全勤奖、出勤奖等，这些津贴的发放条件通常与员工的出勤情况紧密相关。如果员工请有薪假，导致出勤天数减少，可能会影响这些津贴的发放。但具体是否扣除，还需看公司规章制度的规定。

2. 公司规章制度：

   • 公司有权根据自身的经营情况和员工管理需要，制定关于津贴发放的规章制度。这些规章制度可能明确规定，在请有薪假时，哪些津贴会被扣除，哪些不会。因此，员工在请有薪假前，应仔细阅读公司的规章制度，了解相关规定。
   • 如果公司的规章制度违反了相关法律法规的规定，如无故扣除员工应得的津贴，那么员工有权向相关部门投诉或寻求法律援助。

3. 相关法律法规：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，员工享有休息休假的权利，且在休息休假期间，用人单位应支付相应的工资报酬。这里的工资报酬通常包括基本工资和与出勤无直接关联的固定津贴。
   • 对于与出勤直接相关的津贴，如全勤奖等，法律法规并未明确规定在请有薪假时是否必须发放。因此，这部分津贴的发放与否，主要取决于公司的规章制度和双方之间的约定。

建议：

• 员工在请有薪假前，应仔细阅读公司的规章制度，了解关于津贴发放的相关规定。
• 如果对公司的规章制度有疑问或不满，可以与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通协商。
• 如果认为公司的规章制度违反了相关法律法规的规定，可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助。

总之，与出勤相关的津贴在请有薪假时是否会被扣除，需根据具体情况来判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。