核心结论：工厂因上班问题对您罚款50元并在月底工资中扣除，这一做法是否合法需分情况讨论，若工厂罚款无合法依据，您有权要求返还被扣工资；若罚款有合法依据，您也需关注罚款的合理性。以下是具体分析：
一、工厂罚款的合法性分析
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律法规，用人单位不得随意对劳动者进行罚款。罚款作为一种行政处罚措施，其行使主体应为特定的行政机关，如工商、税务、公安等，而非用人单位。
- 用人单位对劳动者进行罚款，通常需要有明确的规章制度作为依据，且该规章制度需经过民主程序制定、公示或告知劳动者，并符合法律法规的规定。
工厂罚款的合法性判断：
- 如果工厂没有制定明确的规章制度，或者规章制度未经民主程序制定、未公示或告知劳动者，或者规章制度中的罚款条款违反法律法规的规定，那么工厂对您的罚款就是不合法的。
- 如果工厂有合法的规章制度，且该规章制度明确规定了上班迟到、早退等行为的罚款措施，那么工厂在您违反规定时进行罚款，在程序上可能是合法的。但即便如此，罚款的数额也需合理，不能过分高于您因违规行为给工厂造成的损失。
二、您的权益保护措施
与工厂协商：
- 您可以先与工厂进行协商，了解罚款的具体原因和依据，要求工厂提供相关的规章制度和罚款记录。
- 如果您认为罚款不合法或不合理，可以与工厂沟通，要求返还被扣的工资。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉，反映工厂非法罚款的情况。
- 劳动监察部门会依法进行调查，并根据调查结果作出相应的处理。
申请劳动仲裁：
- 如果劳动监察部门的处理结果不能满足您的需求，或者工厂拒绝执行劳动监察部门的决定，您可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。
- 在仲裁过程中，您需要提供相关的证据材料，如工资条、罚款记录、规章制度等，以证明工厂的罚款行为不合法或不合理。
三、建议与提醒
保留证据：
- 在处理此类纠纷时，保留相关证据至关重要。您应妥善保存工资条、罚款记录、与工厂的沟通记录等证据材料，以便在需要时提供证明。
了解法律法规：
- 作为劳动者，了解相关的法律法规有助于您更好地维护自己的权益。您可以查阅《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规，了解用人单位对劳动者进行罚款的限制和条件。
及时维权：
- 如果您认为自己的权益受到侵害，应及时采取行动进行维权。拖延时间可能会导致证据丢失或维权难度增加。